10月7日下午環保署李應元署長邀請彰化縣魏明谷縣長、台塑集團王瑞華副總裁到環保署，就台化公司彰化廠三座汽電共生廠申請固定汙染源操作許可證展延案，所產生的各項認知差異，以及後續作為相關事項，讓雙方決策階層及重要幕僚，彼此有詳盡的陳述及溝通，最後雙方也在「加強環境保護」、「遵循法令規定」及「確保勞工權益」方面有著共同認知。並無外界所稱的「出賣環境」、「密室協商」及「協商破局」等不正確的說法。
李應元說，有關台化彰化廠問題，從 9月29日彰化縣政府駁回台化公司展延申請案後，雙方即在媒體上各自陳述意見。而許可證未獲展延而需停工的結果，也引發勞工到彰化縣政府爭取工作權的抗爭。從雙方的發言來看，環保署認為雙方在審查過程中的溝通，以及對環保法令要求的認知上的差異，造成最後的結果。環保署發佈新聞稿，除表示尊重彰化縣政府的依法審查的結果外，也呼籲雙方能加強溝通及對話，同時也表明只要雙方有意願，環保署願意擔任溝通的橋梁。
李應元說，行政院林院長於10月4日下午在立法院答覆關心本案的立法委員質詢時表示，「此牽涉環保與就業的問題，兩者要兼顧的話，環保必須符合應有標準…，台化員工不要減少，中央將再進行協調，讓雙方達成共識。」， 基於這樣的指示，環保署在10月7日，邀請雙方決策階層及重要要幕僚到環保署，讓他們進行溝通及對話。環保署強調，溝通過程氣氛和諧理性，雙方也就審查過程的退補件程序、環保法規要求、後續可行的行政程序以及勞工權益問題，都相當詳盡且坦率的論述。最後，彰化縣政府與台化公司雙方也獲得至少三項的共同認知，包括：
ㄧ、加強環境保護：短期將以減量為目標，中長期則是逐漸調整將台化公司遷離彰化市，以維護彰化市民的健康。而對於M16、M17許可的發電量、蒸氣量、煤的使用量、硫的排放量，台化公司也將接受彰化縣政府的要求，維持相關環保承諾，而且M22暫時不運作。
二、遵循法令規定：對於台化公司許可證異動和展延申請程序及法規上的不同見解，台化公司將依法透過訴願程序來解決法律上的爭議，彰化縣政府對其權益也表示尊重。
三、確保勞工權益：照顧勞工為第一優先，停工期間之勞工權益將予以保障。
環保署說，這次雙方能坐下來和諧理性溝通，並且獲得多項共同認知，正是環保署擔任溝通橋梁的目的，希望雙方能在這次對話的基礎上持續溝通，相信對後續相關議題都能有正面發展。
最後，環保署指出，各界對於此次環保署李署長邀請雙方決策階層及重要幕僚讓他們溝通以及對話的關切，是一件好事，表示大家對這次事件的重視，環保署表示感謝。而從對話的過程與結果，也證明批評本署「出賣環境」、「密室協商」，並以「協商破裂」形容此次本署促成雙方溝通對話的會談，都屬不正確的說法。環保署強調，中央及地方環保單位一定堅定環境保護以及依法行政的立場，也會持續加強產業界對環保法令及政策的溝通與說明，讓大家一起為環境保護來努力。