行政院環保署環境督察總隊於九十三年七月二十日及九十三年七月二十七日派員至太平市督導該市七二水災廢棄物臨時貯置場處理情形，當場並請太平市公所儘速清除該場堆置之淤泥及廢棄物外，並請加強控管出入車輛人員，對該場鄰近地區及之消毒工作務必嚴格執行，以確保環境品質及衛生。
本次七二水災後環境清理工作，環保署已依地方需求並依據中央應變指揮小組指示從優、從寬、從速處理原則，前已核列近六千六百五十萬元經費協助地方，請地方政府核實從速緊急辦理。有關太平市公所辦理災後環境清理事宜，本署共計核定補助該市八百萬元（台中縣環保局九十三年七月十九日申請補助，本署於七月二十一日核定補助100萬元；台中縣環保局復於九十三年七月二十九日申請補助，本署當日核定補助700萬元）補助款協助太平市公所辦理該市環境清理事宜。
另外環保署呼籲各地方政府，務必事先覓妥適當場所，貯置災後緊急清理之廢棄物，縣市（政府）環保局則應儘速規劃設置災後廢棄物最終分類、回收、貯置之處理場所，環保署將補助建設費用。並請地方政府妥善運用既有之掩埋場及焚化廠，加強災後環境清理廢棄物分類、回收、貯置及處理工作。