環保署為正面回應民眾團體107年1月23日於觀塘初審會議提出要求召開專家會議釐清藻礁生態情形之訴求，分別於107年3月23日及4月13日邀爭議各方推薦其信任且具相關專長專家召開專家會議討論，期盼能就本案主要爭點藻礁議題，進行專業討論，無奈民眾團體於2天會中持續以與藻礁生態無關之程序問題拖延會議之正常進行，造成與會專家無法就生態議題持續討論，環保署對民眾團體此一作法深感遺憾，呼籲應保留觀塘藻礁專家會議專業討論空間。
環保署強調，本專家會議乃為討論「觀塘工業區及工業專用港開發對大潭藻礁生態系統可能影響與因應」而召開，由民眾團體、地方政府、開發單位及目的事業主管機關、生態保育主管機關推薦適當背景專家參與，討論結果將供初審會議討論之參考，但專家會議本身無涉開發案准駁與否之判斷。針對民眾團體於會中一再提出所謂程序問題，107年3月23日會議已耗費2小時就「4方推薦緣由」「受推薦專家應否迴避」等議題詳細且明確的回應處理，然而仍導致當日會議議程無法進入專家討論，而擇於107年4月13日召開延續會議，無奈部分民眾團體卻又以「不當黨產」「工業港無開發許可」「不信任其他推薦方，要求重新推薦」等與藻礁生態無涉，甚至與環評議題無關議題阻撓會議進行，且恣意打斷叫罵主席及專家發言，嚴重影響會議進行，實非民主自由社會應有之現象。
環保署認為，在環評會場上，即便一方不同意另一方的觀點，但仍應捍衛且充分尊重他方發言的權利，專家會議制度的設計更是如此，就各方衝突難以釐清妥處之特定專業議題，由爭議各方推薦各自信任且具相關專長的專家，進行專業客觀理性的討論，但如果任一方一再以他方不能推薦，或對他方推薦人選不滿意為由，甚至於自己這一方推薦之專家發言都加以打斷，干擾中斷會議之進行，明顯未符專家會議設計之本意，非民主臺灣之福。
此外，環保署對於部分民眾團體主張「工業港無開發許可」挑戰該案提出「環境現況差異分析及對策檢討報告」之適法性，感到不解，環保署過往一再堅持主張該現差報告應送審通過後方得開發，倘如該「工業港無開發許可」之主張成立，則原89年環評通過開發內容依法即得於取得許可後逕為開發，導致目前審查中案件失去標的。
最後，環保署懇切呼籲民眾團體應保留觀塘藻礁專家會議專業討論空間，讓專家會議功能得以發揮，不要讓不理性的程序問題造成環評會議民眾參與良善制度之崩解。對於107年4月13日觀塘專家會議主席表示欲進行民眾團體發言議程，而民眾團體仍要求完成所有程序問題處理後方才同意發言，環保署認為不當黨產問題確與本專家會議專業討論範圍無涉，不宜於專家會議中討論。環保署已訂於107年4月24日繼續召開第2次延續會議，進行民眾團體發言意見蒐集等程序，又為保留觀塘藻礁專家會議專業討論空間，同步擇訂於107年4月27日召開第3次延續會議，第3次延續會議將僅進行專家討論，過程中全程開放媒體參與，並以網路直播方式公開（內部討論除外），當天不再開放民眾團體進場旁聽發言。