對於臺北高等行政法院99年7月30日中科三期假處分及中科四期停止執行的裁定，環保署表示已依該院裁定內容辦理。
環保署說明中科三期七星農場假處分案，依據臺北高等行政法院根據行政訴訟法第298條第2項所為定暫時狀態之假處分裁定，該署已請開發單位自即日起，至「中部科學工業園區第三期發展區（后里基地—七星農場部分）開發計畫環境影響說明書」重新通過環境影響評估審查時止，停止實施開發行為。
又中科四期停止執行案，該署亦請開發單位依臺北高等行政法院裁定，於聲請人張金鐘等19人以外之聲請人對「中部科學工業園區第四期(二林園區)開發計畫環境影響說明書」審查結論之行政處分提起行政救濟事件裁判確定前，停止關於開發程序之續行（如附件）。