環保署於101年5月15日預告修正「違反水污染防治法按日連續處罰執行準則」及「違反水污染防治法罰鍰額度裁罰準則」草案，針對業者違反水污染防治法相關規定，未於改善期限屆滿前改善完成，將自改善期限屆滿翌日起至違規行為改善完成之日止，依違規日數乘以罰鍰額度計算總罰鍰，一次處分，同時酌修「違反水污染防治法罰鍰額度裁罰準則」，加計不法利得。
環保署表示，現行違反水污染防治法按日連續處罰執行準則自92年7月23日發布施行以來，按日連罰的案件八成屬放流水超標態樣，但因以往未就放流水超標探究違規原因要求改善，且改善完成之認定僅以放流水質合格報告作為依據，因而衍生諸多執行爭議。
為解決現行執行問題，乃修正按日連續處罰執行準則規定，未來對於業者放流水超標案件，將依水質超標之原因，據以要求改善；而業者檢送之完成改善證明文件，及主管機關於改善期限屆滿後之查驗，亦將以違規原因之移除作為證明及認定，而非以往僅以水質檢測合格報告作為依據。屆時業者如未於改善期限屆滿前完成改善，將自改善期限屆滿翌日起至違規行為改善完成之日止，依違規日數乘以罰鍰額度計算總罰鍰，累積總罰鍰金額可觀，業者將完全不能保有不法利得。
此外，為強化限期改善期間之污染控管，及廢水專責人員及技師角色及功能，該準則草案亦增訂主管機關得要求業者提報改善計畫書，以及相關改善完成證明須經專責人員確認或技師簽證等規定，確保業者確實完成改善。
另外，考量對於違規者之違規處分，未審酌除去不法利得，較難遏阻違規行為，爰修正「違反水污染防治法罰鍰額度裁罰準則」，增訂得加計不法利得，不受法定罰鍰上限之限制，以維護公平正義。
環保署表示，裁罰制度的精神，在於「鼓勵合法，嚴懲違法」，除本次二準則修法外，後續將全面檢討健全裁罰制度，以透過裁罰手段，達到維護環境品質及企業公平競爭之目的。
環保署亦表示，有關本次預告相關資料將於預告日起3日後詳載於該署網站(http://ivy5.epa.gov.tw/epalaw/index.aspx）「法規命令草案預告區」網頁，歡迎各界提供意見或修正建議給該署作為修法參考(Email: cfteng@epa.gov.tw)。