最高行政法院於99年1月21日判決，撤銷民進黨執政時期環保署對「中科科學工業園區后里園區（七星農場部分）開發計畫環境影響說明書」於95年7月31日作成之原處分，即該案原環境影響評估之審查結論被撤銷。環保署於昨日收到判決書正本後表示，將請行政院國家科學委員會中部科學工業園區管理局補齊資料，再提該署環境影響評估審查委員會重新審議。
環保署表示，中科三期七星農場案經行政院國家科學委員會於95年2月21日轉送該署審查，歷經專案小組5次初審後提送環評委員會討論，經多數決有條件通過審查，並於95年7月31日公告審查結論。當時為民進黨執政時期，行政院長為蘇貞昌先生，署長為張國龍先生，並曾發生時任行政院副院長的蔡英文女士關切本案，遭環評委員文魯彬公開抗議的事件。
本案為環評審查結論遭最高行政法院撤銷之首例案件，環保署表示，雖是為前任政府善後，將衡度相關法令，據以審慎辦理。對於最高行政法院之判決，環保署將依判決意旨，請行政院國家科學委員會中部科學工業園區管理局補齊資料，於原環境影響說明書內加入環境品質及現況、健康風險評估及其他說明資料，再提該署環境影響評估審查委員會，重新審議。
本案為環評審查結論被最高行政法院撤銷之首例，關係人民健康，且涉及科學園區之發展，影響國家重大利益，環保署已於99年1月28日召集相關部會，進行相關法律研析。本案審查結論既已撤銷，是否有環境影響評估法第14條「目的事業主管機關於環境影響說明書未經完成審查或評估書未經認可前，不得為開發行為之許可，其經許可者，無效。」及第22條「開發單位於未經主管機關依第七條或依第十三條規定作成認可前，即逕行為第五條第一項規定之開發行為者，處新臺幣三十萬元以上一百五十萬元以下罰鍰，並由主管機關轉請目的事業主管機關，命其停止實施開發行為。」之情事？與會學者專家及法務部之意見獲致共識結論，認為環境影響評估法第14條及第22條立法原旨及法條文義所規範者，係指「自始未經完成環評審查」；本案環境影響說明書原已依程序完成環評審查，事後由行政法院判決撤銷，並非「自始未經完成環評審查」，故無該二條文規定之適用。
另，本案目的事業主管機關（行政院國家科學委員會）、行政院國家科學委員會中部科學工業園區管理局及其他相關機關所核發之許可、執照或原核准文件如何處置的問題，屬上開機關之職權。環保署99年1月28日研商會之結論建議，由目的事業主管機關就主管法規及行政程序法，在兼顧國民健康權益、園區廠商原先合法設置之信賴保護原則、相關員工生計前提之下，決定處置方式，審慎妥善處理。