莫拉克颱風帶來的超大豪雨，造成臺灣南部諸縣市產生98餘萬公頓的漂流木，行政院農委會除依其頒訂之「處理天然災害漂流木應注意事項」積極處理外，特於98年9月23日邀集環保署、經濟部、交通部、法務部及屏東7縣市政府等，訂定「莫拉克颱風漂流木處理原則」，以加速處理進度。
環保署表示，天然災害漂流木之處理需由中央與地方政府協同分工，同時併進，各部會間緊密協調，方能適時解決問題。以莫拉克颱風為例，農委會即責成其所屬林務機關全力動員協助縣市政府清除漂流木，期間並積極協調經濟部水利署及環保署共同協助處理漂流木問題。
依據農委會所訂「莫拉克颱風漂流木處理原則」，不具標售價值之漂流木可多元化利用，例如：提供再利用機構再利用，或供作燃料等汽電共生用途，包括可進入各垃圾焚化廠焚化處理，同時亦可發電，屏東縣崁頂、高雄縣岡山等焚化廠均訂有漂流木進廠焚化標準，以達最高效率；另亦可設置漂流木公園，結合當地藝術家及鼓勵一般民眾自行撿拾參與藝術裝飾等。
環保署指出，基於各地垃圾焚化廠多係由縣市政府以契約方式委託操作營運廠商代操作，且採收費方式辦理，環保署除開放各地垃圾焚化廠協助焚化處理漂流木外，並積極協調相關縣市政府降低處理費用，期儘速解決漂流木問題，恢復自然環境景觀。