高屏溪污染整治以來，水質已有相當程度改善，大樹攔河堰及出海口河段的浮游植物、底棲生物、魚類及鳥類物種相當多元。高屏溪大樹攔河堰地區於旱季及雨季的魚類分佈分別以高身鯝魚和高體四鬚鲃為主要優勢魚種，可視為目前河川水體的代表性指標物種；出海口地區於旱季及雨季則可分別以環球海鰶和大鱗鯔作為代表性指標物種。底棲生物部分於大樹攔河堰地區旱季以翡翠貽貝為代表性指標物種，雨季則以秀麗白蝦為代表性物種；出海口地區不論旱季及雨季均以翡翠貽貝為代表性指標物種。但鳯山溪河段污染情形嚴重，水中生物受到環境衝擊而無法呈現生機。
高屏溪是國內流域面積最廣、長度僅次於濁水溪的河川，又稱下淡水溪或是淡水溪，全長171公里，流域面積廣達3,625平方公里，出海口遍佈濕地、浮覆地、農耕地及行水區，豐富的生態體系，隨著海水潮汐，氣候變化，季節更替，展現多采多姿風貌，不管是汲水取用，灌溉田園或供工業生產都堪稱南台灣的生命之河，孕育出原住民、客家、河洛及外省文化共存的環境。曾幾何時，養豬廢水、河川養鴨、盜採砂石、及行水區垃圾傾倒等種種問題，改變了這個美麗的環境。
歷史紀錄中高屏大橋附近（包括河口區域）曾有111種魚類，但根據中華民國87年9月高雄農田水利會高屏溪固床工周邊河段生態之影響調查評估紀錄顯示，在固床工周邊溪流裡，大約可以發現20種左右，實際採集有14種。推估魚種組成之變化主要是喜好乾淨水質的原生種越來越少，今年則共調查有36種魚種，已有增加之趨勢。在鳥類調查上，於79年張進隆先生調查林園萬大橋高屏大橋里嶺大橋曾發現有125種，但83年8月宇拓工程顧問公司調查時減為54種，顯見污染的環境影響了鳥類的生存，可喜的是，今年已發現63種鳥類，代表污染改善，河川中鳥類的食物來源已有明顯的改善。
環保署為了瞭解流域污染整治後的生態效益變化，於93年度特選定高屏溪與鳳山溪兩河川流域進行生態調查，並對照其他物理及化學性指標，藉以建立生物性指標，以及建立該河川環境與生態保育方面動植物之相關性，提供河川整治成果之驗證。該計畫分別選取三個測站進行調查，調查項目包括植物性浮游生物、大型水生植物、底棲生物、魚類及鳥類5大項，調查結果顯示：
一、 植物性浮游生物：污染地區以綠藻門之雙角盤星藻為最優勢種，水質已改善地區則以金藻門之顆粒直鍊藻為最優勢種；雨季時，優勢種為藍藻門之螺旋藻或藍藻門之兩棲顫藻。
二、 大型水生植物：發現有群聚型藻類，如綠藻門的石蓴及滸苔、紅藻門的繩龍鬚菜，共計2門3種。
三、 底棲生物：在水質改善之高屏溪出海口共發現節肢動物、硬骨魚類及軟體動物三大類9科15屬17種715個生物個體，攔河堰發現有節肢動物及軟體動物二大類共4科5屬5種56個生物個體，並以翡翠貽貝為最優勢種；而都會區污染河川鳯山圳則無發現任何底棲生物。雨季時略有不同，於出海口發現節肢動物及軟體動物2大類11科14屬15種77個生物個體、優勢種為翡翠貽貝；攔河堰發現有節肢動物1類共1科2屬2種27個生物個體，優勢種為秀麗白蝦。鳯山圳則仍無發現任何底棲生物。
四、 魚類：本計畫共捕獲347尾魚類標本，分屬22科35種及1種未知魚種，分別為出海口27種，攔河堰10種，而鳳山圳只有1種。出海口在旱季以環球海鰶為優勢種，而在雨季是以大鱗鮻為優勢種。攔河堰在旱季以高身鯝魚為優勢種，而在雨季是以高體四鬚鲃為優勢種。鳳山圳只出現1尾水質嚴重污染時仍可存活的鱧屬魚種，且河水溶氧值介於1.03~2.54之間，顯示此河段仍處於較嚴重污染狀況，也因而魚種較無法出現。
五、 鳥類：於攔河堰在歧異度、豐富度和均勻度3項指數都高於出海口，反映出攔河堰的棲地類型較為多樣化。雨季共發現28科63種鳥類，其中以鷺科8種所佔比例最高（12.7﹪），其次為鷸科6種（9.5﹪）；旱季（4月）有18科35種鳥類，以鷺科5種所佔比例最高（14.3﹪），其次是燕科4種，鷗科、鷸科、鶯科各3種；雨季在水域或灘草地等出現的水鳥種類約佔1/4（38%）。旱季的水鳥鳥種佔乾季鳥種的45.7﹪。調查中共發現4種保育類，除紅尾伯勞分佈較為普遍在三個樣區都有紀錄外，其他3種保育類－唐白鷺、小燕鷗和喜鵲都只出現在出海口，顯示本樣區之生物多樣化。目前以水質生物指標來看，只有紅冠水雞可在嚴重污染的環境出現，對污染耐受性最高！就生物累積效應來看，以食魚性之留鳥如小白鷺、翠鳥作為水質生物指標。
環保署表示，從這兩條河川之初步調查結果，已可明顯看見生態多元化呈現在水質改善成果上，掌握河川整治的持續效益，提供整治生態參考，調查計畫仍將繼續進行，用生機來看成績，是對政府污染整治績效的最佳鞭策。