環保署於104年8月24日訂定發布「違反水污染防治法按次處罰通知限期改善或補正執行準則」（以下稱本準則），全文共11條，主要配合104年2月4日修正公布水污染防治法之內容及授權依據之變更，明確規範業者違反水污染防治法相關規定，主管機關須依據違規原因判定應改善內容，核定改善期限；倘未完成改善，按次處分，以督促業者儘速完成改善。並配合本準則之訂定，同步廢止「違反水污染防治法按日連續處罰執行準則」及「違反水污染防治法通知限期改善或補正裁量基準」。
本準則內容主要整併現行按日連續處罰執行準則及限期改善或補正裁量基準，刪除有關按日連續處罰起算日、暫停日及停止日等相關規定，並依實務強化管理。相關重點如下：
一、限期改善或補正通知書應與裁處書分別做成，並應記載處分對象、事由、應改善補正事項、改善補正期限、完成改善補正應檢具之證明文件及屆期未完成者按次處罰之規定等。屬廢（污）水處理設施功能不足者，主管機關得命提送改善計畫書。
二、明定主管機關應依現場稽查結果或業者陳述之違規原因判定應改善補正事項，並要求繞流、稀釋等情節重大且嚴重影響水體之違規行為立即改善，其他違規行為依可儘速完成改善、短時間可完成改善、是否涉及工程改善、功能測試等狀況，分別訂定3天內至90天之改善期間。
三、明定改善計畫書內容及改善期限規定。於規定期限提送者，主管機關得另核予業者改善之執行期間，該改善執行期間與提送改善計畫書之期間，合計不得超過90日；未於規定期限內提送者，改善期限即為該改善計畫書提送之期限。業者應依主管機關通知同意改善計畫書之內容執行改善。
四、規範完成改善、補正應檢具之證明文件，包括水質檢測報告、功能測試報告或其他經主管機關記載之文件等。以及主管機關認定改善完成之查驗方式及時程。
五、環保機關查驗未完成改善，按查驗日之違反情事按次處分，並再通知限期改善；應改善之事由如屬相同，改善期限將審酌前次改善執行情形核給。
環保署表示，裁罰制度的精神，在於「鼓勵合法，嚴懲違法」，透過裁罰手段，達到維護環境品質及企業公平競爭之目的。違反水污法之業者應依違規原因切實檢討並儘速完成改善，避免受罰。