針對民國九十年元月擱淺漏油污染墾丁龍坑海域的希臘籍貨輪阿瑪斯號污染案，環保署及屏東縣環保局每年均對墾丁附近地區水質長期進行海域水質環境監測，三年來亦特別於墾丁龍坑地區沉船位置附近持續進行水質監測，以九十二年四季的採樣及九十三年四月第一次採樣結果為例，沉船地點均符合環保署甲類海域品質標準，其中礦物性油脂項目均未檢出，表示該船油污染已對當地沒有造成衝擊；至於在水質重金屬部分，九十一及九十二年測得附近海域水中有害人體的重金屬含量，亦符合甲類海域品質標準，對海域生態未發現有異常現象。
至於礦砂及船體的移除，係由交通部「阿瑪斯號船貨移除執行小組」負責辦理，迄九十年八月二十四日止已移除一萬二千一百立方公尺的礦砂（約合三萬一千四百六十噸），另有約一萬多噸散落海底；船骸部分經九十年五月以後數次颱風侵襲，已斷成數截，交通部評估原打撈計畫已不可行。經修正計畫，已於九十一年六月十三日將有礙航行安全的船艏及船艉打撈移除並運至高雄港，剩餘殘骸經交通部委請國際海事公證公司專家評估認為，再移動之可能性低，且船骸沉於水深11.5公尺至16公尺海底，對於船隻航行安全亦無影響，交通部已於九十一年十月十五日決定停止後續移除作業。
有關墾丁龍坑海域的生態環境監測工作，由內政部營建署墾丁國家公園管理處繼續辦理中。墾管處已委託國立海洋生物博物館進行「墾丁國家公園海域長期生態研究計劃∣人為活動對海域生態衝擊之長期監測研究及生態與環境資料庫建立」長期性監控計劃，該計劃係包含廢水排放、遊憩活動、漁業活動、棲地破壞、海床地貌、生態與環境資料庫之建立、墾丁國家公園海域現生珊瑚礁的分布與現況普查、墾丁國家公園海域沿岸海草床生態監測計劃、墾丁國家公園海域潮間帶水質監測計劃等之大型整合性長期生態研究計劃，此外並由該館積極持續進行墾丁龍坑地區的珊瑚復育工作，目前海域生態正持續恢復中。而有關本事件所造成的生態及經濟損失之求償，目前亦由環保署代表政府各部門委任律師於台灣屏東地方法院及該輪保險公司所在地挪威法院兩地持續訴訟中。