工廠內發生污染情形被查獲後，只要繳罰款就沒事了嗎？如果放任污染行為而不改善，將使污染情形持續或擴大，就法規部分而言，可按日連續處罰，情節重大者，並可命令停工或停業。以往環保機關稽查時，對於廠內污染或違反設施標準情形，除開具告發處分書外，通常會給予限期改善的要求，督促業者進行改善，避免造成污染情事，有時環保機關因案件過多或改善期限較長時，往往忘記於改善期限過後再次前往稽查是否完成改善，環保署為追蹤改善情形，於原已使用之事業廢棄物稽查系統增加「限期改善管制工作」項目，以有效追蹤限期改善情形，環保機關亦可於線上查詢是否有限期改善未複查事業，以達確實改善之效。
環保署表示，目前有關事業廢棄物專案稽查部分，係由申報資料庫中勾稽異常情形後，將異常名單移請地方環保機關或環境督察總隊進行現場稽查，早期稽查處分情形如由環保機關進行現場稽查，多半以書面方式副知環保署，不僅公文往返耗時，且紙本保存不易，也易造成紙張的浪費，故環保署於91年9月開始使用系統及網路傳輸方式紀錄事業廢棄物稽查情形，並發文通知環保機關免再副知環保署，經過宣導及採納使用者意見修正，目前各環保機關大多已使用線上填報事業廢棄物稽查情形，鍵入情形逐年均有改善，93年鍵入事業廢棄物稽查件數計達6萬件，環保署亦每月發布執行績效，督促環保機關稽查及輸入，並納入年終考評項目之一。
雖然如此，環保署表示，對於環保機關限期改善部分，目前環保機關多填報於稽查紀錄中，容易造成混淆，且不易辦理後續追蹤事宜，故於原稽查系統增加「限期改善管制工作」項目，預定於年底上線使用，並加強宣導各環保機關使用。