行政院環境保護署於95年3月24日修正發布「違反水污染防治法嚴重污染案件罰鍰額度裁量基準」。修正重點包括事業或工業區污水下水道系統排放廢(污)水含有害健康物質超過放流水標準內容及提高繞流排放廢(污)水裁處罰鍰下限，另增訂將未經許可之放流口或稀釋排放廢(污)水納入本基準範疇。前二者並依照排放廢水量大小訂定不同裁處罰鍰下限，以求更為貼近裁處罰鍰之比例原則。
環保署於94年對現行違反水污染防治法案件裁罰情形全面檢討，發現地方環保單位裁處最低罰鍰6萬元以下案件比例高達八成，如此不僅對偷排廢水等諸如此類之嚴重污染案件無法有效遏止，導致民眾對政府公權力失去信心，亦不符本年度正式上路實行之「行政罰法」規定精神。遂於94年5月20日研訂「違反水污染防治法嚴重污染案件罰鍰額度裁量基準」之行政規則並發布施行，做為縣市環保局裁罰參考依據。
環保署表示，本基準自發布日起至今一年內，總計全國辦理水污染防治法處分案件1,076件次，裁處最低罰鍰6萬元以下案件佔總處分案件之比例已降至66.5％，相較於93年全年及94年1至5月裁罰基準施行前，分別高達81.3％及80.7％情形，顯有大幅改善。深入分析更發現以罰鍰額度36萬至60萬元間處分案件之比例由93年全年為0.5％，而本基準施行後大幅提升至5.7％，達10倍以上最為顯著。顯示地方環保局對「嚴重污染」案件，基於其應受責罰程度及影響程度，已逐步參照本基準，審酌加重處分，嚴予制裁此類案件，改變行之多年裁罰最低罰額之積習。初步已達成環保署訂定裁罰基準之原意及階段性預期成果。
環保署強調，本次裁罰基準修正案係務實考量各縣市環保局執行現況，經修正後將更有利環保局配合執行及提升行政可行性。後續將賡續督導各縣市主管機關落實本基準執行外，並持續檢討追蹤執行情形適時修正，以有效制裁嚴重污染案件，杜絕其持續污染水環境行為。