每年冬季沙塵暴除了可能為臺灣帶來不良空氣品質，還有可能攜帶微生物到臺灣，有鑒於近年國人重視空氣品質，環保署首次針對非沙塵暴期間澎湖空氣品質進行高空氣球採樣檢測，瞭解空氣中所挾帶微生物。
環保署使用高空氣球採樣技術，為利用可控制升空高度的高空繫留氣球，直徑為3m，升至七百～一千公尺遠程傳輸臨界點，採集空氣樣本，其浮力可攜帶採樣器及綁氣球線的重量、電動捲線器及高張力棉捲線，捲線拉力可達180kg、微生物採樣器(Burkard)。待空中採樣蒐集完成後，後續再進行沙塵培養，觀察當中真菌是否對環境有害。
環保署表示，當沙塵暴侵襲時，大氣中的細菌、真菌數量會較平日增加5 至6倍以上，且真菌的數量為細菌的20 倍。雖說明紫外線可以大量殺死細菌，但真菌孢子，能抵抗紫外線照射，而得以存活。若是嚴重時，對於有呼吸疾病之民眾、小孩扺抗力較弱者，會有健康上的不良影響。
環檢所後續將進一步以16S核糖體核酸分子生物鑑定技術，判定這些非沙塵季節真菌相，是否會對臺灣環境造成影響，並公布相關係數，提供為臺灣空氣品質背景資料，以利往後臺灣空氣品質維護作業。