十月二十四日納坦颱風來襲，行政院環境保護署張祖恩署長已指示成立該署災害防救緊急應變小組，並派員進駐中央災害應變中心，妥為應變。環保署並於二十四日通知各縣（市）環保局依災情待命，及完成廢棄物清理、環境消毒及飲用水抽驗等相關準備工作，於風災過後立即可進行各項環境清潔及消毒工作。
由於納坦颱風可能會帶來豐沛雨量，造成局部地區嚴重淹水情況，環保署緊急應變小組特於今（二十四）日下午以電話聯繫各縣市環保局，確認應變整備情形，各縣市回報皆已完成待命。
該署為執行颱風期間的環境整頓和廢棄物清理工作，已開發完成「天然災害污染防治資訊管理系統」，各縣市可上網及時通報各項人力、機具、用品及設施等相關準備情形。目前環保署緊急應變小組除已請各縣市政府積極準備之外，要求縣市環保局針對街道、重要河川水道、低窪地區等加強廢棄物棄置巡查並適時清理，避免因廢棄物阻塞導致淹水情況發生。環保署也要求各縣市環保局應與鄉鎮市公所密切聯繫，備妥廢棄物臨時堆置場所，並掌握廢棄物衛生掩埋場狀況，使災後廢棄物清理工作得以順利執行。
同時環保署也提醒家戶預存乾淨飲用水備用，飲水請確實煮沸再喝，以確保飲用安全。