針對環保聯盟指控成功大學在烏山頭水庫集水區外山頭設置垃圾掩埋場之調查報告造假一案，環保署於本年3月30日邀集爭議各方研商查證方式，建議由爭議各方各推薦其信任之專家召開客觀中立的專家會議，以審議確認其是否造假，必要時再度進行現場之調查研判工作，以釐清爭議之事實真相。4月1日環境資訊中心發布朱淑娟女士報導環保聯盟的成員反對環保署成立專家會議的建議，並表示環保署是「受到壓力，日前私自決定要成立專家會議釐清斷層及地下水爭議，但對於之前包括業者造假環評書、成大不實報告卻迴避處理。……環保署動機可疑，用意只是幫業者及台南縣政府解套」。
環保署嚴重譴責上述報導的發言。環保署與環保團體一樣尊重環境價值的崇高地位，但在維護環境的目的上，所用手段與方法也要正當。環保署建議以公開及參與的方式，由爭議各方接受的專家解決事實調查與科學推論上的爭議，是基於科學的事實與推論，必須是經得起爭議各方一起與一再重複驗證的，而不是任一方說是甚麼就是甚麼，或指控的人說的就一定是對的。環保聯盟成員主張她們的說法一定是對的，表示拒絕參與共同的重複驗證的專家會議，還要刻意以抹黑、歪曲環保署的用心與動機方式發言，混淆大眾視聽。
永揚環保事業(股)公司乙級廢棄物處理場環境影響評估案主管機關為臺南縣政府，因爭議多年，本署針對環保團體近日向法院控告之訴求及本(98)年3月26日向本署陳情要求本署釐清之本案爭議事項(地質、滲水性及斷層等)，認為確有責任協調臺南縣政府，建立機制，釐清本環評案中，關於科學事實與推論方面的爭議。故於本年3月30日下午14時於本署召開「環評相關事實與推論爭議解決研商會議」，邀集相關機關團體研商爭議解決機制。除本署提出之專家會議機制外，與會單位並未提出其他建議方式。經臺南縣政府表達同意接受專家會議處理結論作為其環境影響調查報告之審查依據，永揚環保事業(股)公司亦同意接受本專家會議機制及其決議，願提供前委託成功大學調查之原始數據及資料，如爭議各方推薦專家認定有必要由第三公正團體再度進行現場調查時，亦同意支付所需之調查費用。本研商會議因此作出「本案爭議循專家會議機制解決」之決議。惟對與會環保團體表達不支持專家會議機制部分，本署表示不會因其放棄參與之權利而停止進行專家會議釐清爭議事實之機制。但環保署仍期盼環保團體能秉持「資訊公開、決策參與」精神參與運作，客觀地證明其控訴成功大學造假是否成立。
本案專家會議的運作，係藉專家間的專業對話，對爭議事項的事實與推論，進行價值與利益中立、客觀的查核及討論，必要時委託各方接受之第三公正團體重新調查，以確保最終獲得事實與推論的共識，未受到爭議各方及權益相關者的影響及扭曲。使未來臺南縣政府於本案決策時，能基於客觀、正確、符合事實的資訊，期盼藉由事實的釐清，彌平爭議。
針對與會環保團體表達：「反對本專家會議機制，認為本署應先就本案環境影響說明書涉及偽造文書部分，依行政程序法第117條認定屬違法行政處分，逕予撤銷，再進行其他事實認定」乙節，經查台南地方法院97年7月22日95年訴字第1435號判決書，認為無足證明被告有偽造文書罪嫌之行為，判決被告無罪，此部分應另循司法程序辦理。惟對於判決書中所述環境影響說明書內容有誤部分，如計畫區域地質圖之開發基地位置、與民宅距離等，是否得據以認定構成違法行政處分應予撤銷，因本案環境影響說明書原由臺南縣政府審查有條件通過，臺南縣環保局建議應由該府環境影響評估審查委員會審查認定之，本署於會中作成：「臺南縣政府應針對本案環境影響說明書審查是否涉及違法行政處分部分，查明妥處」之結論。如相關團體認為本案開發單位違反環評法相關規定而主管機關疏於執行，得依環境影響評估法第23條第7項規定，敘明疏於執行之具體內容，以書面告知主管機關，主管機關將依法執行。
綜上，本署仍將主動協助臺南縣政府釐清本案相關爭議，函請臺南縣政府、經濟部中央地質調查所、臺南縣東山鄉公所及與會環保團體推薦具相關專長之專家，參與本專家會議討論。期盼環保團體推薦專家參與專家會議，共同釐清本案爭議之事實真相；至於環保團體所訴求環境影響說明書屬違法行政處分應予撤銷部分，將一併送請臺南縣政府查明妥處，期盼本案爭議能獲得合理的解決。