環保署為因應營利事業統一發證制度之施行期限至98年4月12日止，爰於98年6月5日修正發布「有害事業廢棄物認定標準」第五條，未來事業向所在地主管機關申請改列為一般事業廢棄物時，應檢具文件為公司登記證明文件或商業登記證明文件。
環保署說明，本次修正「有害事業廢棄物認定標準」第五條主要因應行政院業已核定營利事業統一發證制度之施行期限至98年4月12日止，而自4月13日起，公司組織依公司法辦理公司登記；獨資、合夥之商業依商業登記法辦理商業登記後，已無「營利事業登記制度」及「營利事業登記證」，僅需另向稅捐主管機關辦理稅藉登記相關事宜。故原訂「有害事業廢棄物認定標準」第五條第一項第一款第一目規定，於申請改列一般事業廢棄物時，應檢具文件原為「事業之營利事業登記證影本及工廠登記證影本，或政府機關核准登記證明文件」修正為「事業之公司登記證明文件或商業登記證明文件」。
環保署表示，「有害事業廢棄物認定標準」第五條修正條文已詳載於環保署網站（網址http://w3.epa.gov.tw/epalaw/index.aspx），民眾可自行上網查閱。