微囊藻毒素（Microcystins）是一類藍綠微藻產生的毒素，對肝臟的毒性頗高，也可能與原發性肝癌及大腸癌的發病率、死亡率有關。台灣地處亞熱帶，日照強烈，非常適合藻類生長，這些產毒微細藻類形成的藻華，不但造成養殖池生物的死亡，亦污染水庫，造成飲用水安全問題。行政院環保署委託財團法人成大研究發展基金會，針對水質優養化較高地區之水庫與水質中微囊藻毒素含量進行調查，執行6座水庫與6處淨水廠抽驗水樣155件。結果顯示每公升水庫水的微囊藻毒素濃度範圍介於N.D. - 0.9微克(µg/L)；原水介於N.D. - 0.5微克(µg/L)；至於每公升清水與配水管線水樣微囊藻毒素濃度均小於0.1 微克(µg/L)（如附表），皆低於世界衛生組織所建議每公升飲用水水質中微囊藻毒素之指引值1微克（1µg/L/）。
環保署表示，本項調查計畫採樣地點包括嘉義市蘭潭及仁義潭水庫、台南縣曾文水庫、高雄縣澄清湖、屏東縣牡丹水庫、金門太湖等6處水庫以及嘉義市公園與蘭潭、高雄縣澄清湖、屏東縣牡丹、金門太湖、榮湖等6處淨水廠。本次調查結果雖然都低，但每年2-5月間水庫常有藻華情況發生，淨水廠可能引入藻類毒素濃度較高的原水，因此該署已協調自來水淨水廠在藻華易發生時期可採變更取水口的方式應變，避開藻類集中地區，以減少進入自來水淨水廠原水的藻類數量。
文獻記載最早因藻類毒素而導致牲畜大量死亡的案例發生於1974年的瑞士，而人類首宗因藻類毒素死亡的案例發生在1993年的巴西，造成2000人消化道疾病及88人死亡，其後於1996年夏天又發生了60人死亡，主要原因是醫院洗腎用水遭微囊藻毒污染，導致病患集體急性腎衰竭死亡案例，震驚全球。基於此事件的嚴重性，世界衛生組織於1977年召開會議訂定相關藻類毒素的建議規範，並於1998年初公布藻類毒素（Microcystin-LR型）於飲用水水質中不得超過1微克/公升（μg/L）。截至目前為止，巴西、加拿大、波蘭、捷克、西班牙、法國等國，在飲用水水質標準已規範「微囊藻毒素」之最大限值。
環保署將於近期辦理「飲用水水源中常見有毒藍綠菌與毒素管理與監控技術」 研討會，屆時將邀集相關水庫管理單位及地方環保局、自來水淨水廠管理人員，共同討論在藻華期間如何降低自來水水源中藻類毒素濃度及是否將微囊藻毒素納入飲用水水質標準管制項目中，以確保國人飲用水安全。