由於長期以來，各界對於蘇花高是否興建多所關切，花東地區居民和民意代表企盼政府儘速興建蘇花高，而另一方面，許多環保人士、團體基於環境保育與地質安全等考量，希望政府對於蘇花高興建案再審慎評估。行政院曾於94年12月26日指示，國道東部公路蘇澳花蓮段工程建設，應俟臺北至東部之交通政策環評陳報行政院核定後，再據以決定是否恢復動工。環保署今日召開環境影響評估審查委員會，針對交通部所提「臺北與東部地區間運輸系統發展政策評估說明書」乙案進行討論，在考量各方意見後終於拍板定案。
環保署指出，依據政府政策環境影響評估作業辦法第7條規定，「政策研提機關作成之評估說明書，應徵詢中央主管機關意見，並得徵詢相關機關或團體意見，予以參酌修正。」依照政策環評審查程序，政策環評案件將視議題本質邀集有關機關、團體（包括環保團體）、業界或民意代表等召開公聽會，以徵詢各界意見，再由環評委員及相關機關組成專案小組召開初審會，並將初審意見提報至環評委員會討論。政策環評與一般開發行為環評案件，最大的不同點在於開發行為環評具有否決機制，而政策環評基於政府權責分工，政策成敗應由政策研提機關負責，因此環保署審查政策環評案時並不具有否決權，僅得依環境保護專業立場提供相關意見給政策研提機關進行決策時之參考。
交通部於95年10月25日函送「臺北與東部地區間運輸系統發展政策評估說明書」至環保署審查。環保署於11月21日邀請工商團體、環保團體、民意代表及相關機關召開東部交通政策環評公聽會，隨後即於11月28日召開專案小組初審會，並於今日將初審意見提請環評委員會討論。
本日環評委員會針對東部交通政策環評案進行充分討論後，提出以下意見：﹙一﹚政府對於東部地區產業發展與交通運輸政策，應以保護環境與生態為優先考量。﹙二﹚東部民眾對於台北與東部間交通改善需求應予以重視。惟依交通部評估結果，部分方案對於自然生態系統、自然資源利用及環境涵容能力等有顯著負面影響，建議決策應再審慎考量。﹙三﹚各項交通改善或建設應考量生態工程或採最佳可行技術進行，並應針對開發個案事前公布施工方法及環境保護對策，以受全民監督。﹙四﹚應持續調查分析北宜高速公路通車後對地方社會、經濟與環境所造成之衝擊，以作為台北與東部地區間運輸系統發展政策分析參考。﹙五﹚東部地區有廣大原住民族，未來選定各種交通建設方案時，應審慎考量對原住民族文化、生活、就業等相關衝擊。﹙六﹚決策過程應確實做到資訊公開、充分之公共參與及決策透明。另請交通部補充各方案間相互替代性之分析、評估各方案有無可能造成環境不可回復之風險，及說明人口成長之計算基礎及其合理性等等。
環保署表示，後續將依程序儘快把上述意見正式函送給政策研提機關參考。而有關「國道東部公路蘇澳花蓮段環境影響差異分析暨環境現況差異分析及對策檢討報告」，環保署也另外組成專案小組進行審查中，審查過程亦會將東部交通政策環評案之意見納入參考。