環保署91年起成立「工程施工查核小組」，針對補助地方辦理之環保設施工程施工品質，嚴格執行查核工作並要求各工程主辦機關、監造單位及承包廠商落實三級品管制度。100年起將節能減碳列入查核項目，101年度起將再接再厲，列為查核評分重點，以落實環保設施工程節能減碳作為。
環保署表示，100年共查核55件環保設施工程，考核成績80分以上占20%，70分至80分占80%，同時依行政院公共工程委員會頒布之「查核結果品質缺失懲罰性違約金機制」，嚴格執行工程查核缺失扣點結果，監造單位及承包廠商扣點數分別為2,431點及2,084點，扣點罰款分別約為150萬元及500萬元。98年更訂定「施工查核品質獎懲作業要點」，依據工程施工品質查核結果，對相關人員予以適當獎勵或懲處。自實施以後，除建議地方政府對相關人員敘獎21人外，也要求撤換品管人員2次、撤換監造人員2次，所屬主辦人員懲處2次。
環保署表示，環保設施工程件數及經費雖占全國公共工程比例較低，但該署追求優良工程品質及加強查核節能減碳之態度絕不怠慢。該署施工查核小組是全國政府機關第一個通過ISO 9001品質管理系統認證的查核小組，每年均辦理外部稽核驗證，以確保工程查核作業品保及品管，99年度績效考核經行政院公共工程委員會評定獲全國機關第3名，100年度更榮獲「第11屆公共工程金質獎『品質查核績優獎』-優等獎」，顯見該署用心執行工程查核之工作績效，已獲得高度的肯定。
環保署強調，101年起將10項節能減碳具體作為，列為施工品質查核重點項目，包括生態工法綠色環境、環保標章綠色建材、省材節能綠色工程、加強灑水降低污染、垃圾分類資源回收、污水處理保護水體、街道洗掃維護環境、保護樹種開拓綠地、廢物利用減少排出及節省資材再生能源等，以落實環保設施工程節能減碳作為，未來更可作為其他公共工程參考的典範。