凡那比颱風挾帶大量豪雨，造成南部縣市災情嚴重，環保署沈世宏署長極為重視，立即於本（20）日指派該署毒管處林建輝處長及環境督察總隊陳咸亨總隊長分別率員至高雄市、高雄縣及屏東縣勘察淹水區域及受災情形。
環保署表示，颱風過後造成高雄縣、高雄市及屏東縣淹水情形嚴重，第一時間已通知各縣市利用縣市災害應變通報系統，優先請求國軍支援環境清理工作，儘管今日該三縣市宣布停班、停課，沈世宏署長立即指派毒管處林建輝處長到高雄市拜會陳菊市長及環保局李穆生局長，表示環保署關心及可以協助高雄市淹水嚴重之三民區、鼓山區、左營區及楠梓區之清理。李局長表示，淹水地區除楠梓區援中港外，其他淹水地區積水已退，預計明（21）日上午可將淹水地區清理完畢，高雄市未淹水地區可於今日完全清理完畢，清理完成後立即進行環境消毒作業；另環境督察總隊陳咸亨總隊長於今（20）日上午到高雄縣會同環保局王茂松局長到岡山地區視察災情、下午到屏東縣會同環保局林雅文局長到林邊鄉及佳冬鄉視察災情及災後環境清理工作。
環保署特別提醒民眾在環境清理過後，宜進行居家環境及器具消毒工作，並說明示範漂白水溶液配製DIY，選購市售漂白水，成分為次氯酸鈉，濃度約為3 %至6 %左右，稀釋100倍，進行室內環境及一般器物擦拭消毒工作。此外，為了防止災後居家或戶外積水容器，易孳生登革熱病媒蚊，民眾應儘速檢查包括花瓶、水缸、水塔、冰箱除霜底盤和盆栽植物墊盤等，將積水清除。
環保署呼籲民眾如以蓄水池儲存自來水，須以濃度為200 ppm以上的消毒水溶液，清洗蓄水池消毒後，連續清洗2次，並等待30分鐘後，以清水完全清洗後始可蓄水。同時為了維護自己的健康，環保署再次提醒，民眾宜將飲用水煮沸後再喝。