「水污染防治措施計畫及許可申請審查辦法」、「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」、「土壤處理標準」等3項法規於95年10月16日發布，於18日生效施行。
環保署表示，為督促事業正常操作廢水處理設施，避免不肖業者利用夜間、假日偷排廢（污）水，逃避其應盡的社會責任，並提昇水污染防治措施功能性審核，簡化許可申請程序，該署於95年起即著手檢討現有事前管理的6項子法，整合為「水污染防治措施計畫及許可申請審查辦法」、「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」、「土壤處理標準」等3項法規。
本次訂定之重點一，規定以桶裝或槽車方式清除未符合放流水標準之廢（污）水至作業環境外處理者，自97年1月1日起依廢棄物清理法規定辦理，以避免利用桶裝或槽車棄置未經處理之廢（污）水，而污染水體。
重點二，強化許可功能性審查，建立專家學者及現場審查機制。如廢（污）水回收使用率超過90%，需藉助專家學者之專業及經驗，進行技術性或功能性之審查，環保人員亦應至現場勘查廢(污)水處理設施單元之種類、尺寸等設施與申請或核准資料是否符合，以作為許可准駁之依據。
重點三，加強偷排廢水的管理。規定被查獲有繞流排放等重大違規情事者，應於指定之單元設施設置累計型水量計測設施、裝置水質自動監測設施及攝錄影監視系統、放流水水質自動顯示看板，以督促其正常操作廢（污）水處理設施，杜絕偷排廢水等不法情事。
重點四，強化正常操作管理。規定可查核廢（污）水處理設施操作參數，以督促事業正常操作廢水處理設施。
重點五，強化污染源頭之預防管理。規定如溫泉業、餐飲業、觀光旅館（飯店）等之單純泡湯廢水應分流處理，並設置油脂截留器、毛髮過濾器及懸浮固體過濾設施；土石方堆（棄）置場及營建工地等7行業，應舖設遮雨、擋雨及導雨設施，收集處理產生之逕流廢水；貯存油品應設置預防洩漏設施等。
重點六，鼓勵水資源回收再利用。符合放流水標準之廢（污）水作為澆灌花木、抑制揚塵使用，不再依土壤處理標準管理；回收使用作為洗滌塔或其他污染防治設備、製程之用水，不必符合放流水標準，即可回收使用等。
重點七，土壤處理增加源頭管制及總量管制精神。規範可作為土壤處理之土地特性，及依植栽之作物種類，規定每公頃土地所能承受之飼養豬隻、牛隻頭數，如種植水稻者每公頃土地可接受70頭以下豬隻或8頭以下牛隻之廢（污）水；種植非水稻作物者，每公頃土地可接受110頭以下豬隻或15頭以下牛隻之廢（污）水。
該三法規於95年10月18日起正式實施，由於本次訂定之管理幅度甚大，環保署將分批公告應辦理許可換發之對象，既設事業依該公告日起，有3至6個月的改善時間辦理改善工程及相關許可之換發。同時為減少業者負擔，並提供免技師簽證、免審查费、有效期限重新起算等優惠措施。另對96年7月1日起新增管制的既有事業，其完成改善期限為97年6月30日止。
環保署說，為協助事業辦理水污染防治措施之改善及許可換發，將成立專案輔導小組，預定於3年內協助事業完成改善，事業應積極配合於規定之期限內完成改善，以免受處分。