環境部表示，針對本次疫情，本部於114年10月23日函頒「地方環保機關於非洲豬瘟疫情期間應變稽查廚餘再利用養豬場計畫」，請地方環保機關就轄內列管之廚餘養豬場每周至少查核1次，第一周查核區間為114年10月23日至10月30日止，各縣市皆100%完成，目前尚在執行第二周稽查期間，區間為114年10月31日至11月5日止。
為督促地方環保機關確實落實上開查核規定，環境部每日專人統計並公布各地方環保局辦理情形，截至目前，全國各地方環保機關均依規定之查核頻率進行查核，並無有落後之情事。
部分縣市，如屏東縣更主動加強查核頻率，已經提早進展到第三輪，和中央規定11月6日將開始第三輪日期略有不同，已協調統一日期。部分略落後縣市已承諾將盡速完成。
有關羅智強立法委員於臉書表示，部分縣市執行查核養豬場率不佳情事，環境部表示，因各地方環保機關於查核完後，須將查核情形建置於本部環保稽查處分管制系統(EEMS)，以利後續管理，因此造成查核日期與資料鍵入之時間差，進而導致資料統計落差，目前已跟各縣市溝通查核統計方式，以避免日後類似情事發生造成縣市困擾。