5月23日台灣立報登載黃煥彰副教授投書「大肚溪重殤 政府無能」，有關黃教授於今年4月於台61線162K與台17線間大肚溪河口沿岸彰化縣端之潮間帶，發現遭棄置的營建廢棄物、集塵灰與爐渣等有害事業廢棄物，迄今尚未清除乙案。環保署表示，該案環保署已持續督導協助彰化縣環保局，請河川管理人經濟部水利署第三河川局近期內先將廢棄物挖除以太空包方式堆置他處，並於7月1日前提送廢棄物清理計畫書。惟經濟部水利署第三河川局迄今仍在進行清理作業之準備工作。回應5月23日黃煥彰副教授投書，環保署再度於23日會議要求水利署第三河川局應以緊急應變方式，於汛期來臨前完成清除處理台61線24號橋墩潮間帶及橋下方之爐碴及造粒集塵灰。
環保署表示，台61線西濱快速道路162K至163K間跨越大肚溪路段之下方，彰化縣端大肚溪南岸之行水區，於民國94年經環保署查獲遭人棄置大量之爐渣及集塵灰後，已督促經濟部水利署河川局清除，直至今(100)年3月30日完成清除工作。
環保署為確保台61線163K附近農田食用作物安全問題，已於99年2月8日針對台61線163K沿線大肚溪行水區內之花生田採集土壤樣品，以XRF檢測重金屬濃度皆低於土壤污染管制標準，並無污染食物之虞。另針對台61線162K大肚溪南岸行水區附近之牧牛場，環保署亦已於100年4月27日採集土壤樣品送實驗室分析，檢測結果土壤戴奧辛濃度低於土壤污染管制標準。
黃煥彰教授於5月6日公佈其於台61線西濱快速道路通過大肚溪時，162K至163K公里下方大肚溪行水區又發現花生田有棄置集塵灰現象。該署為確保該區域之種植、養殖及畜牧安全，於5月6日下午召開農委會、衛生署及環保署三會署副首長會議，共同決定分別就上市食品、養殖種植產品及環境介質進行調查。農委會對區內農產品已於第一時間先行移動管制並採取相關措施，確認無外流之虞。
環保署並於5月7日及5月12日兩次啟動應變機制，現勘採集黃煥彰教授於5月6日所指區域內花生田及畜牧場之土壤、養殖魚池及河川之底泥與潮間帶之生物體(魚、蟹)檢測分析戴奧辛及重金屬以確保食用作物、肉牛及生態環境安全，其中花生田部份之戴奧辛及重金屬皆未超過土壤污染管制標準，其餘部分將於近日內完成分析。倘檢測分析結果超過各該項管制標準值，將依法進行剷除銷燬等相關處置，以避免危害人體健康。
環保署已啟動大肚溪出海口沿岸的擴大調查，比對歷年航照圖以瞭解廢棄物情形，並將於24日再以無人直升機空拍方式進行大肚溪沿岸非法棄置的細密調查，以確實掌握污染情形。另將限期水利署三河局清查是否屬行水區之違法佔用耕作，如屬非法佔用，則應儘速剷除銷燬，避免農漁牧產品流入市面，以確保民眾食品安全。