針對媒體對雲林縣政府責怪環保署，過去收取六輕11億餘元的土壤污染及地下水整治費，只補助雲林縣政府3,400萬元土壤污染調查費，不成比例，因此環保署須對此次六輕工安事件發生大火的事件負責的報導，環保署表示，環保署肯定此次六輕工安意外事件，雲林縣長蘇治芬坐鎮現場，並下令六輕發生事故的工廠，立即停工檢查及改善的表現。但亦譴責雲林縣長及副縣長林源泉利用此次台塑六輕工安事件作為鬥爭工具，牽拖不相關的事情，砲打抹黑中央，影響輿論，讓外界以為平日在第一線負責監督六輕的縣政府在此事件沒有責任，形塑縣政府是站在民眾這一邊，有錯都是中央錯的大眾印象。
以土壤及地下水污染整治費徵收後成立基金的法定用途而言，此基金的支出是用在全國許多找不到污染者而需要整治的受污染土地上；土壤及地下水污染調查費補助則依據環保署對全國各地已發現的污染情形，補助地方政府做進一步的調查使用。環保署依地方政府實際上調查的需要補助，不可以用補助額度與收繳額度的比例，來說環保署對哪一個地方政府不公平，更不可以牽拖到六輕工安事件的責任上去。雲林縣政府副縣長所提到的台塑六輕有污染土地需要整治，因為很清楚是台塑造成的，依法就須由縣政府另行要求台塑出錢整治，而非從已繳納至環保署基金的汙染污染整治費來替台塑出整治費，反有圖利台塑之嫌。雲林縣政府如此牽拖，似乎其心裡想的是，只要指控中央就可以博取民眾的同情，反正縣府離譜的指控不易為民眾發覺，先指控了再說。