103年4月7日蘋果日報第A11版「萬大線繞路 環團批圖利立委」、台灣時報第8版「萬大捷運涉圖利 環團促林德福解釋」及中國時報103年3月27日「捷運萬大線環差通過 挨批草率」等報導，針對臺北市政府捷運工程局「萬大-中和-樹林地區捷運系統環境影響差異分析報告」案，提出「路線變更圖利」、「開挖恐破壞透水層」等質疑，環保署特予澄清說明，以避免外界誤解，以訛傳訛。
台灣水資源保育聯盟等環保團體所指環保署明顯護航本案變更所涉「保生路」土地圖利一事，環保署強調，環評係基於環境保護之目的中立審查，本案無變更或增加車站位置，無涉捷運車站衍生之經濟利益，倘就施工期間環境影響而言，開發單位於變更前後路段皆採地下隧道型式施工，屬施工影響最低之工法，至於開發地區土地所有權情形，非屬環評審查事項。
臺北市政府捷運工程局開發之「萬大-中和-樹林地區捷運系統環境影響說明書」前於97年經環保署審查通過，該局於102年考量原路線穿越新店溪之萬大路至富民路段轉彎半徑小，營運速度受限，申請變更路線為通過萬大路臺北魚類批發市場及第一果菜市場（如附圖），以增大轉彎半徑，提升營運速度，達降低輪軌摩擦噪音振動影響之效；另以工程方式取消穿越永和區保生路與中山路口地上23層私人建築物下方，降低地下穿越之影響。另納入機廠支線之路線長度。
臺北市政府捷運工程局調查結果發現LG05車站之開發，須挖除地下廢棄物約4.8萬立方公尺，該局並於環評審查過程提出廢棄物相關清除處理之承諾規劃，經環評專案小組審查要求補充納入「地下廢棄物處理及回填作業之環境影響與管理計畫」。至於台灣護樹聯盟所提「若開挖過程破壞透水層，大台北水源恐遭影響」之質疑，環保署說明，挖除既有填埋廢棄物，將更加有效控制污染擴散風險，另從該車站距離「瓦瑤溝東支流」約200公尺，以開挖過程擴散速度而言，本案並無污染瓦瑤溝之可能風險。
環保署分別於102年11月6日及103年3月27日召開2次專案小組審查會議，會議召開過程均無旁聽民眾或團體陳述意見，後續將提至環評審查委員會討論。