今日自由時報有關「二仁溪沙洲重金屬超標數倍」，環保署針對二仁溪沿岸廢棄物問題十分重視。此問題的存在，雖為過去廢五金業所造成，環保署與水利署已積極分別就河川區域內外完成調查，並擬訂後續清理計畫。
初步統計，所關注的二仁溪河川區域段，堤防外面約有 8萬7000公噸事業廢棄物；堤防內行水區有16萬3700公噸事業廢棄物，清理費用龐大。環保署與水利署將優先清理可能造成2次污染、污染土壤及地下水、影響防洪排水之廢棄物，相關清除費用已積極爭取。今年預定辦理清除二仁溪河道內部分廢棄物、並採行應變措施移除堤防外面污染物，先依廢棄物清理法限期污染責任人清理，屆期未清理者，續依土污法規定辦理污染改善事宜，並向污染行為人求償，以減輕污染危害並避免擴大。在廢棄物未清理前，先以太空包裝袋，避免立即污染。
報載台南市社區大學之檢測結果有超標之情形，經本署積極向晁瑞光先生聯繫，晁先生表示，其採樣係在一塊沙洲上的土堆，裡面含電子廢棄物，範圍沒很大。本署針對晁先生關切之問題，表示感謝，並說明本署與水利單位之積極作為，相信這些問題可以逐年獲得改善而減輕，甚或避免對水中生物有害之影響。
環保署說，二仁溪係為重點整治河川，環保署已邀集地方政府及相關部會組成二仁溪污染整治推動小組，積極推動污染源稽查管制與輔導、協調污水下水道污水處理廠及污水下水道系統的興建、以既有污水處理場餘裕量處理三爺溪、加強河川巡守通報、河岸面垃圾清除等措施，二仁溪嚴重污染長度河段比自92年的100%降至96年的35.3%，97年更降至21.9%。