台灣蘋果日報101年10月6日刊出林三加律師「環境法律人眼中的馬總統」投書。林律師藉批判中科三期環評案，建議總統介入拆除台東美麗灣違建。但該文論述基礎與司法訴訟的判決事實密切相關，有責任在此予以澄清如下，以免社會大眾被其誤導，讓馬總統陷入被一再構建的無能論述網阱中：
1、中科三期訴訟的事實
中科三期七星基地最早於民國95年作成的審查結論，經法院於99年1月21日判決撤銷後，環保署即依據法院判決及環境影響評估法規定重新進行審查，並於民國99年9月2日作成新的審查結論。在此過程，反對開發者在林三加律師協助下提起多件訴訟。其中一件係應令停工的假處分聲請，經臺北高等行政法院裁定，環保署應命開發單位在中科三期七星基地重新通過環評審查時止，停止實施開發行為。當時環保署遵照判決轉達國科會中科三期的開發應停工。國科會將中科三期開發的公共工程停工後，並未要求區內廠商停工，即林律師所謂的「停工不停產」。反對開發者對此有不同看法，繼續興訟，主張應令區內廠商停工。訟案於100年10月13日99訴字第2054號判決駁回，林律師等人不服再提起上訴，也在101年2月23日經最高行政法院駁回。相同期間，林律師協助提出的其他停工假處分的聲請，也都被法院裁定駁回確定。
對照上述事實，顯示林三加律師10月6日在蘋果日報投書批評吳副總統及馬總統「對於法院裁定，時任行政院長的吳敦義，以『朕即王法』的姿態，向媒體表示，保證廠商不用停工。這是以封建皇帝自居的迂腐思想，沒一點點民主法治的觀念。….馬總統所追求的歷史定位，在環境法律人的眼中，無疑是放任行政機關踐踏司法，企圖造成司法權委靡不振、漠視人民權益、棄守社會正義的最後一道防線」的這段內容，極為不當。其實林律師「停工且停產」及「沒有信賴保護」的興訟主張，打到最高法院輸了訴訟，卻不接受法院的判決，改以繼續投書，用他個人的主張詆毀國家元首及副元首。踐踏司法，沒有民主法治觀念的，難道不就是自稱環境法律人的林律師自己嗎？
2、臺東美麗灣渡假村的事實
徵求民間參與的杉原海水浴場投資經營案，由美麗灣渡假村公司以BOT方式向臺東縣政府申請全區面積約5.9公頃經營，其中0.9997公頃土地新設一般旅館。
新設一般旅館區0.9997公頃於94年10月取得第一張建照並「動工」興建旅館， 96年5月民間團體以公民訴訟告知當時民進黨執政的中央政府，此項違反環評法情事。96年5月由環保署發函臺東縣政府，請其應依環評法處分並命停止實施開發行為。對於此件開發案未經環評所取得的第一張建照，未完成環境影響評估前是自始不得動工，依據環境影響評估法第14條並參照行政程序法第110條及第111條規定是自始無效。民間團體自96年8月提起對第一張建照建築範圍應停工的訴訟，在101年9月最高行政法院判決應停工確定，並未判決應撤銷建照或拆除已建建築。
美麗灣渡假村開發單位於95年9月提出環境影響說明書，於新中央政府執政後一個月內的97年6月15日經臺東縣政府審查通過，並發給全區面積約5.9公頃的第二張建照繼續興建，已無自始不得動工的適用。惟因民間團體再提起公民訴訟，於101年1月經最高行政法院基於說明書及審查的瑕疵，判決撤銷第五次環評會議審查結論確定。開發單位於101年2月遵照台東縣府命令停工及進行繼續環評的審查過程。
目前的爭議在於一些民間團體及部分立委主張，已撤銷審查結論的開發案建築執照是違法的行政處分，要求應先拆除後再進行環評審查。其實，由於第二張建照包含第一張建照的建築範圍(第一張建照於97年8月29日屆期而失其效力)，且係該開發案通過環評審查後，台東縣政府依據建築法所核發，原屬合法行政處分。但經法院判決撤銷環評審查結論後的第二張建照，即成為違法的行政處分，此時須由地方及中央建築主管機關衡酌是否有行政程序法第117條規定「但有下列各款情形者，不得撤銷：一、撤銷對公益有重大危害者。二、受益人無第119條所列不值得信賴保護情形，而信賴授予利益之行政處分，其信賴利益顯然大於撤銷所欲維護的公益者」兩款但書不得撤銷的適用；如無前述但書適用情形，仍得依行政程序法第117條前言「違法行政處分…原處分機關『得』依職權為全部或一部之撤銷，其上級機關亦得為之」的規定，由中央及地方建築主管機關衡酌是否仍有「得不予撤銷建照及拆除建物」的理由，而非必然應撤銷建照及拆除建物。
由於本案土地是在環評法實施前，於民國75年即已編定為遊憩區的建築用地，又屬縣政府獎勵民間參與經營的海水浴場公益目的事業，撤銷建照及拆除已施工的建物，即難謂對該地編定用途的公益目的沒有重大危害。而且此公益是否明顯大於主張撤銷建照拆除建物者所欲維護的環境公益，亦需待環評委員會繼續審查本案，依據此開發案未來採取減少或避免環境公益危害的營運方式後，是否仍有無法避免的重大環境公益危害而遭環評委員通過否決該開發案的新環評結論出爐後，才能確定環境公益的大小。因此在新的環評結論未出爐前，台東縣政府認定本案，得暫不撤銷建照及拆除建物，而中央建築主管機關予以支持時，也很難說不是合法合理的做法。
亦有論述認為如此做法，是將公益大小的解釋權交由在台東縣政府之下的環評委員會，有球員兼裁判的嫌疑。其實此說是誤解環評制度的真意，先進國家如美、日、德國的環評報告審查就是由開發單位的目的事業主管機關主持。其目的是透過嚴格的公眾參與程序要求，確實將減輕環境影響的考量納入主管機關准駁開發案的決策考量中。要求經濟、環保與社會兼顧的整合性的決策，並無球員兼裁判的問題。例如目前環保署開發計畫的環評報告書，就是由環保署的環評委員會來審查，將結果供環保署做決策的參考。何況這是依據我國的環境影響評估法規定的法定程序及授權，即環評委員會有權透過共識或表決，來決定該開發案影響環境公益的大小，是否足以否定該開發案的執行。對環評委員會的共識或表決結果不服，是要經由行政訴願及司法的嚴謹途徑才能改變。
對照上述事實，顯示林三加律師10月6日在蘋果日報投書對馬總統期待「以台東美麗灣大飯店的環評撤銷訴訟及公民訴訟，均已確定，刺目的大違建仍矗立在美麗的杉原海岸。這是上天給馬總統的第二次機會，讓他有機會再仔細說明『廠商違法開發的信賴保護』，到底是什麼？環境法律人正看著馬總統如何對待此事。如果他沒要求行政機關拆除美麗灣大違建，而是再度容許比照中科三期的『停工不停產』、『邊施工、邊營運、邊環評』。那麼，馬總統之『踐踏司法尊嚴、破壞憲政體制』的歷史定位，無疑就確定了」的這段內容，亦極為不當。
其實，林律師將民進黨中央執政時期處理該案，在96年6月至97年5月第一張建照自始無效的期間錯失良機，未要求拆除所留下的建築，如今通過環評審查已重新核發的第二張建照，經法院撤銷環評結論而正重做環評結論的期間，是否撤銷及拆除已有建築，須依行政程序法規定討論信賴保護的必要，且應由地方主管機關及其環評委員會依法負責釐清的案件，要求無限上綱到總統層級來決定；更甚者為故技重施，將林律師在中科三期上訴到最高法院，已輸了訴訟的「沒有信賴保護」及「停工且停產」等主張，拿來要求馬總統必須以此主張，要求本案先行拆除再做環評。
林三加律師無限上綱，要求總統出面依其投書的建議，命令地方政府拆除美麗灣大違建，其實是一個兩面刃的做法。將來如果中央建築主管機關監督處理本案，認定地方政府主張合法合理而暫不拆除時，就正好落入林三加律師設下的論述，讓外界誤入「馬總統『踐踏司法尊嚴、破壞憲政體制』的歷史定位」並兼批總統「無能」的圈套中，用來詆毀馬總統；如果馬總統對林律師的投書建議言聽計從，介入要求地方政府無論如何美麗灣案要先拆除再環評，一旦外界弄清楚林律師在中科三期的主張是輸了訴訟的事實，根本不能套用在美麗灣案上，以當前風氣，可會立即反過來厲聲責怪馬總統背離司法判決意旨，以獨裁專斷破壞現有法律及行政體制的方式，對個案不當凌駕地方政府依法處分的職權，又得以再批總統「無能」。
台東美麗灣建物是否拆除，雖然環保署長已清楚表明，贊成先拆除後環評，但也聲明公權力介入必須基於法律的授權。綜上可知，中央政府在民進黨時代錯失撤銷第一張建照及強制拆除建物的執行時機，如今第二張建照已非自始無效，其撤銷及拆除的合法合理性，應由中央及地方建築主管機關依據既有法院判例及行政程序法與環境影響評估法的規定妥為衡酌，並等待新的環評審查結論出爐，毋須且不應由馬總統介入即可確定。
林律師以「環境法律人」自許，投書的論述基礎，卻是隱匿司法判決其主張敗訴的事實，繼續以其敗訴的主張誤導大眾，欲陷馬總統於美麗灣案作為與不作為，都被社會大眾責難破壞法制的困境中，此與反對黨自始一再建構「政府無能」論述網阱的政治操作並無不同。似乎林律師作為「政治人」更為恰當！