地球公民協會4月15日刊載該會認為對規模如此重大、影響如此深遠的污染事件，中央政府既無主動調查爭議，更無關切居民健康風險，有失中央主管機關之職責等，環保署特做出以下四點回應：
一、環保署說明一旦該廠經公告為整治場址後，高雄縣政府即應依法要求台塑公司負起履行污染調查、整治計畫訂定及實施義務，至整治計畫核定實施前，台塑公司均應參照該公司提送至高雄縣政府「台塑仁武廠地下水緊急應變措施計畫書」內容持續辦理，目前緊急應變措施計畫已部分通過執行中，用以減輕污染並阻隔污染物向廠外移動擴散至場址外。有關「重設監測井已無確認污染事實的意義」乙節，環保署特予澄清，該廠土壤及地下水遭受污染事證明確，前經查證作為確認在案，至該廠另設地下水標準監測井之目的係為評估該公司所提緊急應變措施計畫實施成效所為之查核動作，以確實掌握污染改善工作執行情況，非如報載所述為重新確認數據之用。
二、有關高雄縣政府籌組「台灣塑膠工業股份有限公司仁武廠土壤及地下水污染案」專家小組之辦理方式，環保署已於99年4月11日主動發布新聞稿聲明「台塑仁武廠污染案件處理應落實公眾參與及專家代理機制透明化運作，充分保障鄰近居民權益」，建議高雄縣政府應按99年3月29日立法院社會福利及衛生環境委員會（以下簡稱社環委員會）會議結論建議的方式，就土壤及地下水污染擴散與整治、健康影響及農漁影響等三方面分別各自成立專家小組，透過爭議各方（高雄縣政府、高雄縣仁武鄉公所、台塑公司仁武廠、民間環保團體）推薦的專業領域專家獨立審查調查與推論的結果作出決議，再於99年4月14行文高雄縣政府說明在案，併此敘明。
三、環保署說明，依據土壤及地下水污染整治法（以下簡稱土污法）第4條規定，中央主管機關權責主要係針對全國性之事務如：1.政策、方案、計畫之規劃、訂定執行。2.相關環保法規之訂定、研議以及釋示。3.就地方主管機關辦理污染預防、整治等工作之監督、輔導及核定。4.涉及多數縣市之同一案件，進行必要之協調。再按土污法第5條規定，直轄市、縣（市）主管機關在相關業務所在之地位，主要係針對於轄區內之事務如：1.規劃、訂定及執行污染預防與整治工作。2.污染預防與整治之研究發展及宣導事項。3.其他有關污染之預防及整治事項。針對報載「依據土污法及土污基金規定，環保署應出面主動回應爭議、負起查證責任」乙節，實屬誤解，因本案係屬地區性之污染預防或整治工作，本為地方主管機關之權責，應逕由地方主管機關本諸權責辦理，中央主管機關則視地方辦理相關事務之情形，給予技術、經費、法規執行疑義等方面提供必要之協助，並針對直轄市、縣（市）主管機關辦理相關作業之過程進行督導。環保署仍持續提供技術、經費，協助高雄縣政府妥善處理本案，並持續督導高雄縣政府依法要求台塑公司負起履行污染調查、整治計畫訂定及實施義務。
四、環保署說明有關台塑仁武廠污染案件處理，已依行政院指示會同經濟部及農委會成立跨部會之專案小組，督導高雄縣政府處理相關事宜，再於99年1月27日召開「台灣塑膠工業股份有限公司仁武廠污染案件專案小組」研商會，確認各部會中央與地方權責及應辦事項。嗣後為因應辦理附近村民健康照護事宜，於99年3月29日立法院社環委員會考察高雄仁武廠土壤及地下水污染後續進度案件說明會決議，納入衛生署、高雄縣(市)衛生局共同參與。環保署強調，為妥善處理本案，已針對污染調查、農漁牧污染情況調查、健康照護、附近環境品質調查及公害糾紛處理等議題，分別於99年3月31日、4月7日、4月13日數度召開會議討論，以瞭解各該業務中央與地方權責單位相關工作執行情形，以提早因應相關事宜，請民眾安心。