有關11日綠色和平組織召開記者會，針對深澳燃煤電廠所做健康風險評估，環保署回應如下：
環保署肯定綠色和平與民間學者對於深澳電廠相關環境與健康惡化風險的關切，並對其研究內容表示尊重。
惟「深澳發電廠更新擴建計畫環境影響說明書第1次環境影響差異分析報告暨變更審查結論」(以下簡稱深澳環差)案，屬環保署95年即審查通過「深澳電廠更新擴建計畫環境影響說明書」(以下簡稱深澳環評)之變更案件。由於變更內容較原方案大幅降低開發規模與污染排放，在環評法規的適用上，未符環境影響評估法施行細則第38條第1項各款所列變更部分造成「加重之影響」，應重辦環評的要件。
此外，由於「健康風險評估技術規範」於99年4月9日方訂定發布，95年即已通過之深澳環評與後續變更，依法無須辦理健康風險評估，且由於本案變更內容的實質影響面較原規劃明顯降低，變更方案的健康風險亦無較原方案加重之理，並不影響相關法規之適用。然而在環差審查過程中，台電公司為回應外界擔心深澳電廠運轉後對民眾健康產生影響之疑慮，承諾積極規劃委託學者專家進行健康風險評估，據了解該單位已在作業中。
另外，環保署指出，今天綠色和平與學者所發表之健康風險評估，係由空氣品質模式模擬PM2.5濃度推估死亡人數。然而，由於本件健康風險評估，其所採GTx空氣品質模擬模型，未若深澳環差案所採光化網格模式(CAMx)模式，已依空氣品質模式模擬規範規定，進行定性及定量性能評估，並提出性能評估檢核表，模擬結果與測站觀測結果比較，通過性能評估規範；美國模式中心針對新污染源模式模擬增量採用5種推薦高斯擴散模式包括：AEROMOD、CALINE3、 CAL3OHC、CTDMPLUS、OCD。綜整國內外模式模擬專家的意見，GTx模式是否適合用在本健康風險之模擬，實有待釐清。
本案距離實際建廠期間還有一段時間，將適用新修定的空污法，授權主管機關可以依最低可達成排放率控制技術要求大幅降低排放量，以保障民眾健康。