商業週刊1310期（101.12.31~102.1.6）「環保署開方便之門 美麗灣非法變合法」一文報導，與事實不符處澄清如下：
一、中科三期環評案，經法院撤銷環評結論後，環保署刊登廣告論述該判決無效用，破壞環評體制，引起法界論戰。但經環保署重新審查該案環評説明書，作成通過的結論後，反對團體繼續一再興訟，至今勝訴的一方都是環保署，不是該文中的語意不明，讓人以為是環保署敗訴。
二、沈署長從來沒有説過「環評阻礙發展」這樣的話，文中詹順貴律師的説法是錯誤的引述。
三、關於美麗灣案，沈署長從未刻意安排邱文彥副署長出差，以便避開關鍵會議。因為該案環評審查，完全由台東縣政府負責，環保署沒有相關的關鍵會議。邱副署長排定前往美麗灣現場視察，當場作成的會議記錄，也發函台東縣政府參辦，並無文中所稱「全被內部擋下」，此有案可稽。(附件一)
四、環保署或沈署長，過去發布新聞或投書媒體，是就所掌管「環境影響評估法」主管機關的角度發言，就個案相關的法規意旨澄清，或引述法院判決論述，提供社會大眾正確事實的資訊，並非文中所述，替開發單位與司法、環評委員對抗。相關案例有：
（一）關於台東縣政府官員迴避審查問題，行政院環境保護署99年3月29日環署綜字第0990025524號函釋，（1）開發單位為民間機構時，目的事業主管機關縣政府的委員，僅指該府代表開發案件主辦單位之環境影響評估審查委員會委員，應迴避表決。(2)開發單位為目的事業主管機關，該府代表開發案件主辦單位或督導開發案件主辦單位之環境影響評估審查委員會委員，均屬前述目的事業主管機關委員，應迴避表決。 最高行政法院美麗灣案101年度判字第55號判決，亦肯認此函釋。歷次環評之審查，台東縣政府已遵照此函釋，要求主辦單位代表之委員迴避。本署並於101年11月28日補充發布加嚴規定，也就是督導美麗灣開發案的縣長、副縣長、秘書長及主辦單位代表之環評委員均應迴避表決，美麗灣開發案於第7次環評審查已依新規定辦理迴避。
（二）關於「在做出有條件通過時，完全在密室空間進行，不容記者採訪，不容環保團體旁聽，嚴重違背民主精神」。事實上，審查委員作成決議前進行獨立審查及討論時，同時也要求開發單位及贊成開發之團體或民眾也必須離席。審查委員聽取各界發言，後續作成決議前，要求旁聽者離席或另尋獨立空間討論，待做成決議後再公開向外宣布，這種作法除了可以讓審查委員在不受干擾情形下作專業討論外，也與環保署環境影響評估審查旁聽要點規定「本會議進行決議前，旁聽居民、居民代表、相關團體均應離開會場」相符；另參考司法審查實務，法官聽取兩造攻防意見後，其合議庭法官在形成判決前之討論，也是採類似程序。這種獨立審查，公開宣布的作法，尚無所稱「淪為私相授受」或「嚴重違背民主精神」之情形。
（三）美麗灣渡假村以BOT方式向臺東縣政府申請全區面積約5.9公頃經營，其中0.9997公頃土地新設一般旅館，於94年10月取得第一張建照並「動工」興建旅館，96年5月民間團體以公民訴訟告知，此開發案違反環評法情事。當時民進黨執政中央政府的環保署處理該案，在96年6月至97年5月第一張建照自始無效的期間亦僅要求發函臺東縣政府停止其實施開發行為並未要求拆除建築。其後開發單位辦理環評並通過環評審查才得以再取得縣政府核發之第二張建照。後續最高行政法院撤銷美麗灣案環評結論的判決書中，並沒有「必須先拆除再補作環評」的文字。反而，經最高行政法院撤銷雲林縣林內焚化爐環評結論的判決書中，對於重做環評審查的期間是否拆除已有建築，有「重為環評審查之結果為不應開發，方生應否拆除之問題」的明確論述。所以臺東縣政府依法院判決所為「命開發單位停止開發」，及後續補正環評說明書內容及審查結論等作為，不應解 讀為「臺東縣政府完全採取不作為態度」，也不宜解讀是敢於對抗中央政府及敢於對抗最高行政法院的作為。
我國在1994年引進環評制度時，立法院修改環保署所提出，參照先進國家創立制度的立法草案，增加了由環保單位成立環境影響評估報告書審查委員會負責主審，並賦予該環評審查委員會否決開發計畫的權力，替代先進國家由目的事業主管機關負責主審的規定。這兩項修改的規定扭曲了先進國家創立環評制度的精神及功能，由於有環保主管機關的代勞，目的事業主管機關可不負責主審開發計畫的環評報告書，也不必因環保理由否決開發計畫，讓目的事業主管機關可以不必面對環保的利害相關人士，因此在最後核准開發計畫時不必思考環保因素，因而不需負擔任何不環保的政治責任。
美國在1970年代創立環評制度的設計，是透過嚴謹的公眾參與程序，確保利害相關人士的權益未被忽略前提下，讓開發計畫的目的事業主管機關在核准或駁回該開發計畫時，將環境影響的事實及科學的預測，納入決策的考量。由目的事業主管機關主持，經過公眾參與及專業審查而通過的環境影響評估報告書，就是提供目的事業主管機關決定開發計畫的准駁時，做為綜合考量的各項因素之一，以矯正過去決策時完全忽略環境影響的現象。
其他先進國家歐、加、日、澳等跟進，也採取同樣的環評報告書審查制度。因此，以先進國家創立環評制度的精神與功能來看，目的事業主管機關主持開發計畫的環評報告書審查及計畫的准駁，並無所謂的球員兼裁判的問題，在環評審查過程，即無所謂目的事業主管機關代表委員要迴避的問題。