屏東縣新園鄉赤山巖遭非法棄置有害事業廢棄物3萬8,000公噸之含汞重金屬污泥，環保署已於91年協助屏東縣政府完成清除。但清除後以包裝方式暫置現場的含汞污泥仍有8,238公噸，等待臺塑公司負責後續處理。在環保署協助下，屏東縣政府與臺塑公司，於高雄高等行政法院92.8.15召開之第7次和解程序庭達成和解。雙方約定由臺塑公司負責將汞污泥以熱處理方式去除含汞量，並由環保署補助屏東縣政府負責的汞污泥廢棄物開挖、包裝、運輸及後續殘渣掩埋工程。
但熱處理設施所在的高雄縣台塑仁武廠附近居民抗爭下，直至97年馬政府上任，此8,238公噸污泥只完成處理90公噸。其後在環保署沈世宏署長主持下，開發完成了污泥含汞量的現場篩檢作業新方法，並協助縣政府及台塑進行民意溝通協調，使雙方接受加速汙泥處理的新作業程序。即由屏東縣政府環境保護局於現場辦理篩檢，將含汞乾基濃度未達260毫克/公斤之汞污泥，於現場完成固化處理後，運離現場送至最終掩埋場。環保署於99.8.27補助屏東縣政府9,000萬元，並於100.9.22完成本項篩檢、固化及清運固化體至最終掩埋場的工作。現場剩餘含汞乾基濃度260毫克/公斤以上的403公噸汞污泥，依雙方和解約定仍須由臺塑公司負責熱處理。
行政院環境保護署一路協助屏東縣政府處理本案，知悉日前臺塑公司向高雄市政府申請核准其運送最後的403公噸汞污泥至台塑仁武廠進行熱處理後，即去函請屏東縣政府積極協調高雄市政府儘速決定，就是負責任的作法。中央政府提醒或督導地方政府要求互相協調合作，並非報載立委所解讀的「將汞污泥清除責任推給屏東縣政府」。