8月31日自由時報報導：「紐約的不平之鳴」，指責行政院未遵從法院就中科三期案之裁定及法律最終解讀權，本署特以投書澄清聲明，請惠予刊載，以符平衡報導之精神、保障讀者知的權利及本署不被誤解的權益。
環保署與國科會遵照法院判決主文執行，並未對抗其判決。事實是：1.法院判決主文，撤銷環保署原已公告中科三期七星農場開發案的審查結論，所以環保署正遵照判決重新召開環評委員會議，進行該案環評說明書補件後的審查；2.環保署已遵照法院對中科三期假處分申請裁定主文內容，發文中科管理局，應自即日起，停止實施開發行為，中科管理局已停止中科三期七星基地公共工程施工。環保署及中科管理局並無不執行法院判決主文裁定事項的情形。
另環保署於法院撤銷環評結論後，「依法」申請最高行政法院再審，及環保署與國科會針對高等行政法院的假處分及停止執行裁定，「依法」提出抗告。必然是環保署認為法院裁定上有不盡合理或合法之處，才會申請再審及抗告，並將主張公諸社會大眾，而且這仍然是在法律許可範圍的「依法」行事。法院是依法論理的場所，有裁判的權威，但不是不允許行政機關依法或在法律許可範圍內，申請再審及抗告並表達公共論述。
將環保署或國科會仍然在行政訴訟法法律程序中的行事與公共論述，形容為不遵守法律、不尊重法院判決，是未注意到行政機關法定申請再審及抗告與論述的資格，出於誤解的關係。