有關大安溪中科后里園區放流水專管放流口附近魚群死亡事件，環保署已派員前往針對放流水進行採樣，目前正進行檢測，檢測結果如有發現水質不符環境影響說明書或審查結論要求，環保署將依環評法規定裁罰。此外，為加強對后里基地環評監督，環保署也將依據環境影響評估法第18條規定，命中科管理局就放流水水質提出因應對策。
環保署表示，中科后里園區包括后里基地及七星基地，二基地分別實施環境影響評估，並經環保署審查通過。其中后里基地環境影響說明書在95年3月10日公告審查結論，後來即依相關規定進行開發，環保署並成立專案監督小組進行監督。依照環境影響說明書內容，后里基地廠商之廢水須自行前處理，再進入園區污水處理廠處理至符合放流水標準及環評之加嚴標準後，以放流水專管排放至大安溪無灌溉取水口下游。在初期放流水專管設置完成前，則先排放至牛稠坑溝區域排水。
目前係中科管理局進行放流水專管試排，有關大安溪口發生魚群死亡事件，環保署已在4月2日派員前往瞭解並對放流水專管排放口及后里基地污水處理廠進行水質採樣。環保署解釋，依據本案環境影響說明書及審查結論，后里園區排放水水質除必須符合放流水標準，審查結論則對生化需氧量(BOD)有再加嚴之要求。因此後續水質檢驗結果如有違反環境影響說明書所載內容或審查結論情形，依據環境影響評估法第23條規定，處新臺幣30萬元以上150萬元以下罰鍰，並命其限期改善，屆期仍未改善者，得按日連處罰。
另依據本日台中市環保局檢測結果，重金屬與化學需氧量符合放流水標準，氨氮濃度達133ppm。惟依放流水標準規定，氨氮之管制僅適用於水源水質水量保護區，而中科后里園區后里基地95年3月10日的環評審查結論並未對氨氮排放濃度有特別規定。環保署表示，如基於本次魚群死亡事件調查結果，顯示后里基地放流水中氨氮濃度需要納入管制，環保署將依據環境影響評估法第18條規定，要求開發單位中科管理局針對后里基地之放流水水質提出因應對策，送環保署審核。
至於七星基地原(95年7月31日)審查結論經法院判決撤銷部分，中科管理局已再提出環境影響說明書及健康風險評估報告送環保署審查，經審查通過後，在99年9月2日重新公告審查結論，惟目前仍有訴訟進行中。臺北高等行政法院於100年3月1日作成100年度停字第9號裁定停止執行部分，環保署表示，此案環保署已依法提起抗告，目前則完全依照法院裁定執行，即中科七星基地目前係停工狀態，區內廠商依法院裁定無須停工。廠商之廢水水量少，係處理至符合放流水標準後排放至牛稠坑溝。因此目前后里園區放流水專管僅為后里基地之廢水，尚無來自七星基地，併予說明。