蘋果日報於本（98）年4月27日刊載「石門水庫 幾近優養程度」乙文，環保署分析石門水庫近10年水質呈上下跳動情形，並無惡化趨勢。（如圖）
石門水庫污染來源有點污染源及非點污染源，點污染源係指家庭、社區等廢污水經區域排水路收集，排入石門水庫內；非點污染來源為森林樹葉分解、農業活動或暴雨沖刷晴天累積的地表污染物，當降雨形成地表逕流後流入水體造成污染。
為削減點污染源，環保署補助桃園縣政府辦理「桃園縣水源保護區稽查管制計畫」，針對保護區內污染行為重點稽查，並推動實施「新增事業管理實施計畫」，請桃園縣政府針對餐飲業與觀光旅館納入管制。環保署並與桃園縣政府、經濟部北區水資源局合辦石門水庫集水區聚落或遊憩區污水處理系統規劃細設計畫，調查相關聚落及污水排入水質水量，先於水庫上游百吉地區興設現地處理設施，減少排入水庫的污染。
除石門水庫外，環保署說，目前配合經濟部水利署主辦之「水庫集水區保護綱要計畫」，辦理水庫集水區污染減量工作，加強污染源的稽查。優先納列水庫集水區保育之水庫，如翡翠水庫、石門水庫、曾文水庫及金門湖庫等，以因地制宜，就地取材的原則，建構草溝草帶、或以現地處理設施截流處理未納入污水下水道系統及污水處理廠處理的生活排水，以減少流入水庫的污染量。已完成翡翠水庫仁里版附近（金瓜寮溪）草溝草帶及曾文水庫集水區奮起湖附近生活排水現地處理設計。目前正推動中。
針對飲用水水源水質的安全及飲用水含三鹵甲烷恐危害人體的疑慮，環保署已將全國飲用水水質列為稽查重點，以保障人民飲用水的安全，環保署說，自97年1月迄今（98年4月）抽驗台灣本島內自來水水質總三鹵甲烷596件水樣，全數合格。其檢驗數值分布範圍：有528件(88.59％)水樣總三鹵甲烷含量小於0.02毫克/公升 ；26件(4.36％)介於0.02與0.04毫克/公升；22件(3.69％)介於0.04與0.06毫克/公升；20件(3.36％)介於0.06與0.08毫克/公升。總三鹵甲烷為自來水公司例行水質檢驗應符合項目，環保單位為確保飲用水水質安全，除加強督導自來水公司外，亦將持續抽查飲用水水質，保障國內飲用水水質安全。
環保署於95年7月1日起，實施加嚴標準至0.08毫克/公升，以提升國內飲用水水質安全，保障其免於消毒副產物之危害。