對中國時報3月17日引述「中科三期辯護律師林三加說百分之九十以上的法學專家認為依法行政，環評主管機關環保署應要求中科三期立即停工」乙節，環保署表示此係曲解環境影響評估法規定。環保署表示環境影響評估法第14條規定「目的事業主管機關於環境影響說明書未經完成審查前，不得為開發行為之許可」，在立法院議案關係文書(院總第一四二二號，政六九五頁，環評法修正第十四條說明欄一)清楚提到「依本法第7條規定，環境影響說明書作成審查結論後，即完成審查」，據此更足顯示，依環境影響評估法第14條規定的立法原旨及法條文義所規範者，係指「自始未經完成環評審查」之環評案件情況。
另參據上開文書同頁條說明欄二，亦清楚提到「有關許可後無效之處理，應回歸行政程序法規定，故將現行條文第一項後段『並由主管機關函請目的事業主管機關註銷之』予以刪除。據此更足說明環保署向來之表示，對於「自始未經完成環評審查」之開發行為，其許可後無效之處理，應回歸行政程序法規定之說法得到更進一步之確證，也說明了環保署依法行政的一貫立場始終不變。
又中科三期七星農場開發案雖依環保署本於法定主管機關職責，認定其不屬於「環境影響評估法」第14條規定有關無效之要件與適用範疇，但依法律解釋「舉重明輕」原則，環保署認為有關本件目的事業主管機關前此所為之許可處分是否失效暨其後續是否撤銷各節，均應由許可核定機關（國科會、中科管理局、營建署等單位）依行政程序法規定確認並處理之。
環保署認為讓民眾瞭解該署依法處理中科三期七星農場開發案的相關原委非常重要，環保署有義務與責任澄清事實，避免以訛傳訛誤導民眾，因此該署多次主動發布新聞說明或投書媒體澄清，環保署強調，處理中科三期七星農場開發案自始至終係依法行政，希望外界理性看待，不要刻意誤導民眾。