經過12年的溝通交涉，我國終於在94年12月1日依據巴塞爾公約與日本完成簽署有害廢棄物越境轉移雙邊協定。此乃我國首次依照國際環保公約與他國簽署之協定，具有指標性意義，除凸顯我國積極參與巴塞爾公約之決心外，對於我國未來與其他國家洽簽巴塞爾公約相關協定及有害廢棄物輸出入管制有莫大助益。
聯合國為管理有害廢棄物越境轉移問題，邀集116個國家代表於1989年3月共同簽署「巴塞爾公約」，目前已有164個國家與歐盟簽署加入。我國由於特殊政治地位關係，無法簽署巴塞爾公約，但仍可依據公約規定，與締約國簽署雙邊或多邊協定，共同管制有害廢棄物越境運送與處理；環保署指出，美國亦非巴塞爾公約締約國，但已與加拿大、菲律賓等國簽署雙邊協定，因此，我國希望能循此模式與各國合作簽署雙邊協定，積極拓展環保外交。
環保署表示，我國自83年起即分別與美、日、澳、歐盟等國家洽商依據巴塞爾公約簽署雙邊協定，以台日雙邊協定較有進展。台日雙方透過外交及經貿管道進行多次正式與非正式會商，終於在「第三十屆台日經濟貿易會議(94.11.30-12.01)」會期中簽署「亞東關係協會與交流協會間關於控制有害廢棄物越境轉移及其處置協定」，並由環保署廢棄物管理處楊慶熙副處長及黃拯中科長代表出席簽署儀式。
環保署強調，我國與日本順利簽署雙邊協定後，即可透過正式管道有效追蹤管理廢棄物流向，確認廢棄物已妥善處理，降低廢棄物非法輸出入之情形發生。