二仁溪污染整治，經政府各部門協同合作及民間的協力，嚴重污染長度比例由90年63%，已經顯著下降至113年上半年20%，改善率達六成。其中，針對主要支流三爺溪，除環境部已補助臺南市政府設了3處現地處理設施，日處理量達3.9萬噸外，近年來，經臺南市政府也積極推動永康、仁德及虎尾寮的污水下水道系統接管工程，使三爺溪河川污染指數年均值大幅改善，由101年RPI 7.6下降至113年上半年的5.5，顯示水質已顯著改善，逐步改善河川生態及生機。
環境部表示，8月20日完工啟用三爺溪上游排水截流暨虎尾寮水資源回收中心的改善與擴建工程，共歷時3年，耗資新臺幣7.8億元，其中5.5億由環境部補助，工程完工後提升虎尾寮水資源回收中心處理能量，從每日處理量1.2萬噸提升至2.7萬噸，增加超過兩倍。同時，每日將1萬噸的處理後淨水補注至三爺溪上游，有效改善基流量，提升三爺溪水質，確保三爺溪中上游河段完全脫離嚴重污染，進一步復原河川生態。
三爺溪上游排水截流暨虎尾寮水資源回收中心功能改善及擴建工程的落成，歸功於政府部門間的緊密合作。中央各部會與環境部不僅在經費上大力支持，也在技術與規劃設計上共同努力，確保工程順利推進與高效完成，也象徵著區域水資源與環保的重大進展。未來四年，環境部與臺南市政府已編列預算，將進行區域總量管制第二階段的加嚴管制評估，以及評估區域工業區污水處理廠的設置，同時加速辦理包括永康、仁德等地區2萬戶的污水下水道接管作業，持續推動整體三爺溪污染整治，為臺灣未來的水資源管理樹立新標竿。
環境部肯定臺南市政府相關部門對三爺溪整治基礎及工程能量上，在此基礎上，已經在近期更進一步補助經費支持臺南市政府針對竹溪、劉厝以及月津港等地區的水環境改善工程，將可持續推動這些區域的河川整治與水質提升計畫，顯示中央部會與臺南市政府對區域環境改善的重視與承諾，復原當地水生態，並為居民提供更宜居的生活環境品質。