台灣立報於日前（5月28日）發布新聞「台塑污染調查環署被批當護法」，環保署特做出以下回應說明：
一、環保署說明，為提供資訊公開與公眾參與的機制，已要求高雄縣政府所召集之「台塑仁武廠土壤及地下水污染擴散與整治專家小組」，係透過爭議各方（高雄縣政府、高雄縣仁武鄉公所、台塑公司仁武廠、民間環保團體（包括中華民國地球環保協會及高雄市地球公民協會）推薦其信任、且與處理台塑仁武廠污染案密切相關專業領域的專家所成立獨立運作的專家小組。與會專家本諸所具專業與專業倫理，就文獻查考、調查及統計方法與過程、事實證據可信度之確認、推論及預測方法過程正確性與結果之不確定或確定之程度等，進行價值中立與利益中立的科學性客觀討論與結論後作出決議。環保署表示，為使本案整治作業進度能確實控管，並讓民眾瞭解，高雄縣政府後續所召開之專家小組會議，於會議結束後由該府立即對外對外發布新聞說明會議結論。
二、環保署說明，高雄縣政府於本（5）月12日召開「台灣塑膠工業股份有限公司仁武廠土壤及地下水污染擴散及整治專家小組」第2次研商會，該次會議針對高雄縣政府執行「台塑仁武廠污染調查評析報告」進行討論，報告內容包括：仁武廠內土壤、地下水、放流水、地表水及仁武廠外地下水（監測井、民井、農地灌溉井）、地表水、農地土壤及底泥採樣及檢測分析結果（其中民井採樣數量為第1階段完成75口），係以完整資料提供委員進行審查。台灣立報報載「提供不實資料給專家小組，導致小組作出錯誤決策」及「由於專家會議當天，連專家都沒有拿到完整資料。李根政說，這根本是誤導專家，當天會議結束後，結論不是由專家小組代表宣讀，而是環保局，他質疑環保局片面解釋專家會議結論」乙節，為無事實依據的自我臆測及抹黑式的論述與報導，詳見本署網頁(http://ivy5.epa.gov.tw/enews/fact_truth.asp)99/05/27新聞稿「針對地球公民協會發布『環保機關掩蓋台塑污染真相』環保署鄭重表示無法認同之回應說明」。如貴報報導所述「不提供完整資料」及李根政「環保局片面解釋」的論述為事實，獨立運作的與會專家早已出面駁斥環保局的作為。
三、環保署表示，台塑仁武廠污染情形經環保署主動查獲確認後，即要求環保單位依土壤及地下水污染整治法（以下簡稱土污法）相關規定，於2月25日公告為土壤及地下水污染控制場址，並於4月28日由該署公告為土壤及地下水污染整治場址在案，亦於5月7日依由該府依土污法第14條第1項規定，命台塑公司於6月21日前提出土壤及地下水污染調查及評估計畫，並將於其調查計畫完成核定後要求該公司提出整治計畫，未來亦將嚴格監督整治計畫之執行與落實。環保署並初評其違法之罰款金額將高達新台幣三千八百萬至一億五千萬元之間，並要求由高雄縣政府待專家小組審查確定其整治計畫後，予以確定罰額。
環保署強調，針對台塑仁武廠污染案件，已就污染洩漏、農漁牧調查、健康照護、鄰近工業區地下水調查及公害糾紛處理等議題，邀集各部會成立的環保署專案小組已召開8次研商會，以明確掌握相關機關執行進度，除關照附近居民飲用水之安全外，環保署一直以來克盡環境維護職責。
四、為避免後續不實報導引發民眾不安與疑慮，環保署表示將建議高雄縣政府於其縣府網頁之便民服務區開闢「台塑仁武廠專區」，將本案相關資料提供民眾閱覽，屆時關心本案民眾均可自由點閱，並能適度表達意見，更能理性看待本案，期以充分達到資訊公開及確保民眾參與之權益。