針對媒體報導屏東縣政府指控環保署通過台26線安朔至港口段公路環評變更審查，沒有邀請地方政府參加，環保署澄清本變更案共召開6次專案小組審查會，歷次會議均有通知屏東縣政府，但該府皆未出席會議，亦未提出該府意見（佐證資料如附），對於屏東縣政府未於環評審查程序中提出意見，卻於本變更案通過環評審查後，屢屢對外表達不同意見的做法，環保署認為該府亦為環境影響評估法之地方主管機關，殊不知審查意見須即早提出，否則，不但未能儘早要求開發單位確實處理及因應，亦會降低審查效率，造成行政延宕。
環保署說明依環保署環境影響評估審查委員會審查一般性開發計畫認定基準第三點規定，本變更案提報環境影響評估審查委員會核定時，僅就專案小組審查結果加以確認，不請開發單位列席簡報及說明，所以依慣例亦未邀請縣（市）政府或相關機關參加。又屏東縣政府未曾於本變更案6次專案小組環評審查會出席或表示意見，亦未曾告知環保署參與環評委員會之意願，環保署自無從衡酌是否有邀請屏東縣政府參加環評委員會的必要。環保署另說明屏東縣政府於環評委員會前夕，僅提供地質、海洋生態背景學者等辦理阿朗壹古道實地現勘的紀錄，環保署十分重視，已將所送資料併提委員會參考。
環保署強調本變更案已三度提環評委員會大會討論，一般而言，非常少數的環評案件是會三次提委員會大會討論才通過的，足見環評委員會對本案已審慎審查、充分討論，在屏東縣政府對環保署提出指控前，請屏東縣政府先對外界說明，本變更案環評審查過程中是否已善盡該府職責，勿一再透過媒體混淆視聽，也不要再向環保團體及民眾傳達錯誤資訊，造成不必要之對立。