環保署106年11月8日召開「新設（含擴建）科學園區政策評估說明書」專案小組第2次意見徵詢會議，會中環評委員及民眾團體聚焦就科技部調整之優選方案「不超過既有園區環評總量、超出涵容能力時由地方政府承諾同等減量」提供意見，專案小組認為目前政策規劃內容過於空洞，且未就委員意見具體回應，建議科技部應就未來科學園區產業規劃內容、園區產業土地需求總量及遴選考量等再予強化後，再召開專案小組第3次意見徵詢會議。
環保署說明，對於各界關切之空氣品質改善議題，環評委員認為科技部「超出涵容能力時由地方政府承諾同等減量」之規劃，建議應比照「行政院環境保護署審查開發行為空氣污染物排放量增量抵換處理原則」及環保署審查六輕環差擴廠案件原則，空氣污染物排放增量採「增1減1.2」之比例規劃，俾使三級防制區之空氣品質逐步獲得改善。
環保署澄清，媒體報載「因環保署管制PM2.5政策環評又卡關 全台僅剩台東可設科學園區」之內容，係根據科技部原102年所擬「不超過區域環境涵容能力」主方案所衍生限制，惟科技部會中已不認為該方案具可行性，故目前並無僅剩臺東可設科學園區之情形。