針對台南環境保護聯盟99年2月27日登載「環保團體回應環保署2月26日聲明」，要求環保署嚴肅面對烏山頭水庫可能污染乙案，環保署做出以下最新回應說明：
一、環保團體長期質疑在烏山頭水庫集水區範圍外，正興建中的永揚事業廢棄物掩埋場，將污染地下水及影響烏山頭水庫的飲用水水質乙案，環保署極為重視，已於98年5月邀集權益相關各方，包括環保團體、當地居民代表及開發單位，各推薦二位地質及地下水相關領域專家共十四位組成專業平台，獨立召開專家會議以公開、參與及專業的方式研判環保團體質疑問題，求取正確的解答。
二、第一階段的專家會議結論，已證明環保團體主張有斷層通過該掩埋場，為正確的陳述。目前正進行第二階段研判地下水流向之相關工作，將藉由沿場址斷層帶及破碎帶各鑿3口井進行相關試驗，並搭配電腦模擬，以釐清該掩埋場之地下水流向，是否可能流經斷層進而影響水庫附近地下水水質。
三、另有關環團訴求加強水源保護區及集水區範圍之地表水監控乙節，查目前環保署在烏山頭水庫設有5處水質監測站，以瞭解水庫水質；該署亦將責成自來水公司，加強對取水口原水重金屬項目等檢測，以確保水庫水源安全。
四、針對環團懷疑場址附近有非法棄置，訴求儘速找出污染點部分，刻由檢調單位著手調查及規劃開挖，將俟調查結果研議後續採行措施。
五、環保署重申99年2月3日新聞稿之結語，環保署願邀請消費者文教基金會、環保團體、自來水公司、當地社區代表及國民黨與民進黨兩黨的立法院黨團，分別再推薦其信任之飲用水專家，另組烏山頭飲用水專家會議的平台，對環保團體的地下水水質質疑、是否有其擔心的飲用水危機事項，由專家會議獨立及中立地討論，建立專業共識，提供社會正確的解答。