11月2日媒體報導：陳前署長重信表示蘇花改地質爭議未釐清，應進行二階環評否則違法之意見。對此環保署表示，是否應進行第二階段環評，依據環評法規定，應由環評委員會審查決定。前署長自行認定應進入二階審查，並以此指責環保署違法，無視環評法授予環評委員集合之專業判斷權責！環保署對此表達深切之遺憾。本案環境影響說明書目前已由環評委員會專案小組作成建議有條件通過之結論，後續將提環評委員會討論。環保署表示，臺北到東部交通運輸一直為各界所關切，有關蘇花高及蘇花改的環評進行情形，有必要詳細加以說明。
一、蘇花高速公路計畫
交通部國工局於民國88年提出「國道東部公路蘇澳花蓮段建設計畫」（即蘇花高速公路）環境影響說明書，經環保署審查，有條件通過，於89年6月15日同意備查。該計畫經行政院同意後，交通部於91年12月27日核復同意辦理。其實蘇花高速公路已可依程序動工興建，惟當時政策上並未進行。
民國92年11月交通部國工局依據細部設計結果，擬調整部分路線、交流道位置及工程內容，提出環境影響差異分析報告送環保署審查。依據環評法規定，已通過環境影響評估審查者，開發單位應依環境影響說明書所載內容及審查結論切實執行。環保主管機關係就開發單位申請變更部分進行審查。惟當時環評委員因考量921地震及敏督利颱風等環境變遷，曾於93年7月28日環評委員會第120次會議作成決議：「建請交通部國道新建工程局再將諸多時空環境變遷與國土永續發展下之細部設計等因素補充完備，作更嚴謹的評估作業，並對環境保護對策提出具體之承諾。」嗣後交通部國工局亦於環境影響差異分析報告中，依此決議補充修正相關資料，繼續送環評委員會審查。
民國94年12月行政院秘書長函示：「為求審慎及周延並釐清環評爭議問題，本計畫應俟交通部所提台北至東部之交通政策環評說明書陳報行政院核定後，再據以決定是否恢復動工。」此時蘇花高速公路自取得目的事業主管機關許可後，逾三年未動工，依據環評法第16條之1規定，應提出環境現況差異分析及對策檢討報告送主管機關審查，主管機關未完成審查前，不得實施開發行為。後續才有交通部提出「臺北至東部交通運輸政策評估說明書」，及96年1月交通部國工局提出「「環境現況差異分析及對策檢討報告暨申請變更之環境影響差異分析報告」送審。經召開多次專案小組審查會，97年3月3日第4次審查會作成結論，「審核修正通過，提本署環評委員會討論」。其中有關地質、滲湧水課題已納入審查。97年4月25日提環評委員會討論，由陳前署長主持並決議如下：「本案與行政院原核定之蘇花高興建計畫內容變動甚大，涉政策之重大變動，是否符合『東部永續發展綱要計畫』及『臺北與東部地區間運輸系統發展政策評估說明書』尚待釐清，且歷次相關環評審查意見亦未具體補充、修正，本案退回開發單位。」因此97年4月環評委員會退回本案，係因是否符合「東部永續發展綱要計畫」及政策環評，而非地質因素。地質因素在歷次專案小組審查時已有詳細審查與討論。
二、蘇花公路改善計畫
97年新政府上任後，即正視臺北至東部交通運輸議題，交通部未繼續推動蘇花高速公路興建計畫，但應提供東部地區一條安全可靠之聯外道路，此亦符合95年環保署對於「臺北與東部地區間運輸系統發展政策評估說明書」之結論。交通部爰改由公路總局進行台9線蘇花公路改善計畫，並依環評法規定著手進行環境影響評估工作。交通部為回應花東地區民眾熱切期盼，考量必須符合「開發行為環境影響評估作業準則」各項環境調查、評估之要求，於98年12月請求環保署依據環境影響評估作業輔導要點規定，邀集環評委員、專家學者及相關機關、團體於99年1月19日召開諮詢會議；於99年8月20日召開環境現況調查及環境影響預測諮詢，並依「開發行為環境影響評估作業準則」規定，於99年9月17日召開預審會議。期間交通部並依規定召開數場公開說明會。99年9月28日交通部轉送本案環境影響說明書至環保署，環保署於10月13日邀集環評委員、專家學者及相關機關、團體進行現勘，再於99年10月18日、11月1日召開2次專案小組初審會，才獲致初審建議結論。換言之，本案係回應花東民眾訴求，依據環評相關法令加速進行，但並沒有因加速審查而影響環評委員之審查品質。
有關地質議題，開發單位已依歷次會議有關委員、專家學者及經濟部中央地質調查所意見補充資訊，其資料包括自民國81年起於路廊進行之相關區域地質調查、地質鑽探、地球物理探測、現場試驗、開挖調查等成果，及鄰近38座已完工營運之鐵公路隧道施工紀錄與完工報告等。其中本區域之地質鑽探調查孔數累計達868孔，總鑽探深度達32491公尺。開發單位並依中央地調所之環境地質圖資、蘇澳與南澳環境地質基本圖與地質災害潛勢圖、現場地質查核等詳細調查評估，經濟部中央地質調查所經審查後，提醒觀音隧道部分臨近海側有老崩塌疑慮，建議於維護階段加強潛在大型崩塌地調查或往陸向調整。另開發單位依委員審查意見提出各隧道洞口工程地質特性調查結果顯示，部分隧道口上邊坡開挖有順向坡問題，將於未來設計階段時詳加考量。經過專案小組環評委員、專家學者及相關機關充分討論，11月1日初審會認為依據本案開發單位所提環評報告與補充說明之資訊，及未來於施工與營運階段時，確實履行所提各項污染物對環境影響預防及減輕之措施與環評委員會審查結論所附條件之負擔後，已無環境影響評估法第8條及其施行細則第19條所稱對環境有重大影響之虞，無須進行第二階段環境影響評估，僅要求開發單位補充部分未附之原始資料，並將會場中回答提問之相關分析之說明以書面提出補充，因此作成建議未來環評委員會審查時有條件通過環境影響評估審查之結論。
由上述說明，本案環境影響評估作業從書件製作、民眾參與及環評委員會之審查，完全依照環評法相關規定，審慎且嚴謹進行。外界不能因加速審查就指責草率。環評專案小組經釐清各項問題，依據環評法規定，建議無須進行第二階段環評，可予以附條件通過。環保署完全依法進行相關程序，何來陳前署長所說違法情事？