有關蘋果日報「大企業美化形象 遮蔽嚴重污染」民眾投書，環保署鄭重表示並未有因電腦系統更新，而將事業之排放許可證自動展延至明年底之情事，投書內容明顯錯誤。
環保署表示，近期有廢污水許可證換發，是因「水污染防治措施計畫及許可申請審查辦法」於民國95年10月16日訂定發布，該審查辦法中規定原領有核發機關核發之水措計畫或許可證者，應於公告之期限內辦理申請換發。該署於96年4月17日即公告辦理期限，且為避免申請案件同時湧入造成審查不及，故規定若在換發期間原許可證有效期間已屆滿，而核發機關還沒有完成換發或准駁的事業，在等待換發期間仍應持續進行原核准之水污染防治措施，最晚需在98年12月31日前取得核發機關或地方主管機關重核准之新許可證。
環保署強調，許可證換發是因法令變更而辦理，並非針對特定之污染源，該署亦從未因電腦系統更新而使事業許可證自動展延，霄裡溪上游事業申請排放許可案因深受各界人士關注，該署亦將建議桃園縣環保局優先審理此案。