8月31日自由時報報導台大公共衛生學院教授詹長權教授投書：「中科三期應該二階環評」，質疑中科管理局沒有掌握后里既有高背景風險，也沒掌握所有危害物質清單，低估真實風險。本署特以此投書澄清，請惠予刊載，以符平衡報導之精神、保障讀者知的權利及本署不被誤解的權益。
環保署舉辦由爭議四方（包括提出訴訟的六位農民及環保團體、當地縣政府及鄉鎮公所、國民健康局、開發單位）推薦共8位健康風險評估專家組成的專家會議，審查這份報告。專家會議已注意到詹教授質疑不夠完備的部份，且被要求做了必要的修正後，業經參與審查的大部分專家同意，送環評委員會的專案小組及大會繼續審查。
關於詹教授主張要進入二階環評審查，雖然詹教授不是環評委員，相信環評委員會注意到他的主張。但是否進入二階或認定不應開發，是環評委員會審查的專業集合判斷範圍。中科三期健康風險評估議題並非一定要進入二階後才能做成判斷，也不是一階完成判斷就表示是輕率。倘若陷入應否進入一階或二階之爭執，忽略報告內容資訊已達到環評委員認定可做成判斷的程度，且不尊重環評委員會的專業判斷餘地，其論述其實已經失焦。
對后里地區既存污染源造成的健康風險的減輕，是政府的責任，並非中科三期開發單位的工作。為降低既有的健康風險，環保署將與地方政府一起規劃相關管制配套措施，檢討加嚴標準削減既有汙染源的粒狀物排放量外，已修正發布「車用汽柴油成分及性能管制標準」，減少PM2.5等有害空氣污染物排放帶來的健康風險；在新設污染源部分，除依環境影響評估法規定審核開發單位各項空氣污染物控制規劃及給予合理排放量，並要求採用最佳可行控制技術及加強監測等來確保符合排放規定。