有關環保團體認為環保署未積極調查永揚掩埋場是否掩埋有害廢棄物，可能使掩埋的有害廢棄物危害村民水源及烏山頭水庫水源安全乙案，環保署表示，本案已由台南縣檢調單位介入調查，該署配合檢調單位辦理相關工作，目前已進行道路掩埋爐碴之開挖調查，發現遭棄置之爐碴量屬局部的事實。至於掩埋場內因積水尚無法進行開挖查核。
環保署亦表示該署為解決爭議多年的永揚掩埋場案，已主動依據爭議事項先後由爭議各方推薦其信任之專家 成立兩個專家小組。與會專家均本於自身的專業素養，針對各方所提爭議事項進行透明及客觀獨立的研判，由專家小組依共識所達成的結論來釐清事實及因果關係。
環保署最後強調，保護水質安全是該署的使命，該署絕對會積極配合檢調單位調查永揚掩埋場是否掩埋有害廢棄物，也會積極辦理專家會議釐清環保團體的疑慮。請環保團體的宣傳單，勿使用花博、農民等與本案無關之訴求，形成假環保搞政治之現象。