針對斗六市公所將拒收雲林縣府垃圾問題，突顯雲林縣垃圾處理困境，環保署表示，垃圾處理攸關百姓生活品質，地方政府應摒除政黨與派系，善用既有設施，共同合作解決，環保署也會盡全力，協助雲林縣建立自主垃圾處理能力。
環保署表示，雲林縣垃圾處理問題，環保署在104年及105年分別協調外縣市協助雲林縣處理2萬943公噸及6萬1,875公噸垃圾，106年初再次協調北部及南部縣市協助處理1萬5,000公噸垃圾，由雲林縣與該等縣市達成每協助處理1噸垃圾須回運底渣資源化產品1.8噸之協議，惟雲林縣因民眾對底渣資源化產品存疑，以致底渣回運作業受阻，除無法履行原承諾事項外，也影響垃圾外運處理，致目前縣內共堆置約2萬7,000公噸垃圾。
為提升雲林縣垃圾處理之自主能力，環保署於106年3月邀集縣府各局處與鄉鎮市公所等單位召開「雲林縣廢棄物清理政策及技術說明會」，說明垃圾減量資源回收措施、廚餘脫水、垃圾分選、焚化底渣資源化產品推廣與應用等內容。5月邀請雲林縣環保局參訪高雄市民間廚餘高效堆肥技術，期能規劃完善廚餘堆肥處理設施。6月邀集雲林縣環境保護局及相關單位研商「垃圾前處理」及「廚餘資源化」等相關技術議題。
環保署表示，雲林垃圾問題，中央、縣政府及鄉鎮市公所需共同解決，所以提出短中長期解決對策：
一、短期:
(一)請雲林縣提出階段性底渣資源化產品去化具體規劃與期程，作為環保署對外協調之說帖。另建議雲林縣協調適當地點暫時堆置底渣資源化產品，再逐步予以消化，以履行回運底渣資源化產品之承諾。
(二)請雲林縣政府責成執行機關加強垃圾減量及資源回收工作，妥善運用縣內各項廢棄物清理設施或機具，同時與縣內鄉鎮市公所協調整合縣內約11萬立方公尺餘裕空間之掩埋場，協助收受垃圾或暫置底渣資源化產品。
(三)雲林縣政府已成立底渣資源化產品使用推廣小組，請持續積極推動縣內公共工程優先使用底渣資源化產品。
二、中期
(一)環保署將依據雲林縣政府六月底所提底渣再利用執行計畫，儘速與工程會聯席審查並協調中央相關部會之公共工程協助去化底渣資源化產品。
(二)請雲林縣政府積極研提互惠互助具體措施，或簽訂垃圾處理區域合作行政契約，以建立長期、穩固之合作機制。
三、長期
(一)環保署將依「多元化垃圾處理計畫」重大公共建設計畫，補助雲林縣設置如廚餘脫水、快速堆肥、垃圾分選等設備，建立自主性多元垃圾處理設施。
(二)環保署已檢討縣市代燒垃圾回運焚化底渣及資源化產品之合理比率，並納入垃圾調度管理辦法草案中研議，垃圾調度管理辦法草案預計今(106)年7月份預告。
環保署最後強調，垃圾處理仍需民眾配合做好垃圾減量與資源回收工作，現階段雲林縣政府應加強與鄉鎮公所及民眾溝通協調，規劃底渣資源化產品適當的堆置地點，讓垃圾外運處理作業，可以持續進行，環保署也會持續跟有焚化爐之縣市協調，優先處理雲林縣垃圾。