有網友於臉書發表言論，認為環保署訴願決定獨厚遠雄巨蛋公司一節，環保署澄清如下說明：
訴願之目的除了在保障人民權利或利益受政府侵害時，得請求予以救濟外，同時亦有導正政府機關要依法行政之功能。
有關遠雄巨蛋公司因運送廢土超過環評書承諾車次，遭臺北市政府依環評法裁處（計19張罰單，合計新臺幣650萬元）；經提起訴願後，環保署訴願會依據環評法之精神及參考行政法院歷來判決見解（89年度判字第2573號判決），認為：遠雄巨蛋公司違反環評法事證明確；惟臺北市政府於遠雄巨蛋公司違規時，未即時要求限期改善，又嗣後才一次檢送按日連續處罰之裁處書，核其作為業已違背處分及督促限期改善之目的，因此，環保署就30萬元罰鍰予以維持，其餘處分予以撤銷，依法並無不合。
環保署表示，訴願決定係採合議制，並非委員單獨一人決定，該署訴願決定歷來均力求程序之公正、公平；遠雄巨蛋之訴願經充分討論後由訴願委員共同決議，訴願會執行職務並無偏頗，且葉慶元委員在參與本案大會討論時，並無特別意見。網路言論指涉葉委員對本署訴願決定似有不當影響的說法，對本署訴願決定公正性之斲傷，該署深表遺憾。