地球公民協會5月31日表聲明「環保署5月27日新聞稿中強烈指責該會不尊重專家會議，逕自散佈不正確的論述訊息等」，環保署特做出以下五點回應：
一、地球公民協會指責高雄縣政府「台灣塑膠工業股份有限公司仁武廠土壤及地下水污染案」專家小組會議之執行方式不夠透明。環保署說明，其所指責情節顯與該署於署內所組成專家會議時所採取之資訊公開與透明會議的作業方式有所差異，環保署表示將要求高雄縣政府改進。
二、地球公民協會對本案之調查數據解讀有不同之處，環保署表示將要求高雄縣政府針對該協會質疑處，另召開專家小組會議加以討論澄清，回歸專家平台機制來妥善處理本案相關數據之專業解讀與相關事實之認定。
三、環保署再次強調，中央主管機關權責（針對係全國性政策、方案、計畫之規劃、訂定執行；相關環保法規之訂定、研議以及釋示）與地方主管機關權責（辦理轄區內規劃、訂定及執行污染預防與整治工作）應辦事項本有不同，以落實中央與地方權責分工。環保署有責且極力督導及改正本案地方政府的作為，但該協會一再用高雄縣政府的作為，指責環保署，將環保署與高雄縣政府的權責混為一談，對其用心實不能苟同。
四、環保署表示專家小組會議的功能是藉由爭議相關權益各方推薦其信任的專家組成，以客觀中立方式對本案相關數據進行專業解讀與相關事實之認定，不應負責行政處分的裁量，本署日前亦曾就此向高雄縣政府提醒，不可將其本身之行政處分裁量責任付諸專家小組。
五、高雄縣政府所召集之「土壤及地下水污染擴散與整治專家小組」已於26日召開第3次研商會，該次會議決議判斷系爭場址之污染情況尚不符合土壤及地下水污染整治法第15條第1項第1款處分要件之事實，係針對為目前科學數據呈現出該廠是否已因採取應變必要措施而有減輕污染危害或污染未擴大之事實認定，至於是否需命污染行為人停工或停業之行政處分仍為高雄縣政府權責。
環保署再度呼籲各界及高雄縣政府，將本案後續相關調查方法與結果，交由前開專家小組進行客觀專業的審查作出決議，透過價值中立、客觀的科學調查及研討，以透明公開及參與方式澄清事實真相。請各界回歸專家平台機制，共同理性表達對本案之相關意見。