有關中廣新聞網於本（97）年11月11日報導全台50條河川有39條中重度污染，阿公店溪、北港溪及二仁溪三條溪流污染最嚴重乙節，環保署表示全台50條重要河川水質監測結果顯示嚴重污染長度已大幅改善，由92年15.8﹪降為96年6.7﹪。環保署針對中度及嚴重污染長度50﹪以上的河川，阿公店溪、二仁溪、北港溪、急水溪、鹽水溪、新虎尾溪、淡水河、老街溪、南崁溪、愛河、濁水溪等11條已列為重點整治河川。目標為8 年內不缺氧、不發臭及水岸活化。
環保署同時表示中度及嚴重污染河段大都集中於人口較密集的河川中下游地區，而飲用水原則取上游的水源，而造成河川污染的來源有生活污水、畜牧廢水及工業廢水。針對生活污水的處理，環保署表示，配合河川污染整治需要，已協調內政部營建署加速推動污水下水道系統的建設，並針對污水下水道管線未達地區，推動人工溼地及礫間氧化等現地處理設施或設置截流站井截流處理。
此外，環保署督導地方政府加強污染源的稽查管制、河岸面垃圾的清除等工作。環保署更進一步表示，河川污染整治需中央水利、營建單位的配合，中央及地方並需攜手合作，因此，針對二仁溪、北港溪等嚴重污染河川，該署已組成污染整治推動小組推動辦理相關污染整治事宜。
以二仁溪為例，在地方政府及民間的合作下，透過稽查管制、河岸面垃圾清除、成立河川巡守隊、設置水質淨化工程等手段，二仁溪的嚴重污染河段已自92年的100%，降到96年的35%。南萣橋測站之生化需氧量年平均濃度已自91年之10.2mg/L降至96年之6.3mg/L，展現初步成效。北港溪由96年5測站為嚴重污染，降至97年至今僅1站（土庫大橋）為嚴重污染。
環保署呼籲，民眾參與是河川污染整治重要的一環，該署亦鼓勵更多的社會與企業重視自己生活附近的河川，並共同爲清淨河川多多努力。