針對108年1月24日工商時報、自由時報刊載外界評論「六輕四期油品提升環差報告」及「二林精機園區環評報告書」專案小組初審過程環評委員發言內容，環保署強調，環評審查會議係建構公開透明之審議平台，各方於審議過程得就該案環境面向疑慮表達意見，並由開發單位或有關機關參酌回應，以供相關專長領域委員或專家學者考量判斷，俟專案小組獲致初審建議結論後，再提至環評委員會作成該案最終審查決議，爰此，現行環評審議機制均扣合回歸環境面向專業審查，環保署特此回應澄清。
108年1月17日「六輕四期擴建計畫環境影響差異分析報告（油品品質提升、液氨回收設備、船舶洗艙廢水及油污泥廠內處理）」專案小組初審會議過程，交通運輸專長委員係就該案變更後交通增量及衍生空污影響提出疑慮；而文化資產專長委員則基於該案單元變更後增加硫分回收及其他委員書面意見，詢問硫磺產品後續流向及可能影響，就開發行為之內容作進一步瞭解，並予開發單位說明回應之機會。
此外，108年1月22日「彰化縣二林精密機械產業園區環境影響評估報告書初稿」專案小組第2次初審會議獲致「建議認定本案不應開發」之結論，係基於「本案基地現況屬農業用地，開發將加重地表逕流影響」「水再生利用具高度不確定性」「與鄰近園區及工業區競合關尚不明確，缺乏開發累積加成效應之考量」等環境面向之專業考量，進而認定該案對環境可能導致顯著不利之影響，建議認定不應開發，另提替代方案。至於社會領域專長委員所提過往產業發展研究意見，係供開發單位彰化縣政府及目的事業主管機關經濟部於經濟面向及社會面向參酌回應，冀望能以更廣泛角度思考我國後續機械業發展方向。
最後，環保署強調，上述案件均尚處環評審議階段，開發單位確有必要就各方所提環境疑慮意見切實回應說明，以釐清環評相關疑義，環評委員會仍將秉持專業審查之原則進行審查，使經濟開發與環境保護得以兼籌並顧。